工程变更的处理程序：
（1）建设单位需对原工程设计进行变更，根据《建设工程施工合同文本》的规定，发包方应不迟于变更前14天以书面形式向承包方发出变更通知。变更超过原设计 标准或批准的建设规模时，须经原规划管理部门和其他有关部门审查批准，并由原设计单位提供变更的相应图纸和说明。发包方办妥上述事项后，承包方根据发包方变更通知并按工程师要求进行变更。因变更导致合同价款的增减及造成的承包方损失，由发包方承担，延误的工期相应顺延。
合同履行中发包方要求变更工程质量标准及发生其他实质性变更，由双方协商解决。
（2）承包商（施工合同中的乙方）要求对工程进行变更，具体规定如下：
1）施工中乙方不得擅自对原工程设计进行变更。因乙方擅自变更设计发生的费用和由此导致甲方的直接损失，由乙方承担，延误的工期不予顺延。
2）乙方在施工中提出的合理化建议涉及设计图纸或 施工组织设计的更改及对原材料、设备的换用，须经工程师同意。未经同意擅自更改或换用时，乙方承担由此发生的费用，并赔偿甲方的有关损失，延误的工期不予顺延。
3）工程师同意采用乙方的合理化建议，所发生的费用和获得的收益，甲乙双方另行约定分担或分享。
工程变更程序一般由合同规定，最好的变更程序是在变更执行前，双方就办理工程变更中涉及的费用增加和造成损失的补偿协议，以免因费用补偿的争议影响工程的进度。