《指导意见》中明确规定，对于正在建设过程中的建设项目，不能根据建设项目在建设过程中实际发生的投资额认定该建设项目总投资额。

对于已经全部建成并投入生产或者使用的建设项目，《指导意见》中规定，项目单位能够证明项目实际投资额与审批、核准文件或者备案信息不一致的，根据该建设项目实际全部投资额认定总投资额。

《指导意见》中还对实践中认定建设项目总投资额存在争议的三个方面做出了规定，一是备案的项目总投资额与实际情况存在明显差异的；二是未经审批、核准、备案的；三是产业政策禁止投资建设的，出现这三种情况时，根据《环境影响评价法》第三十一条、《海洋环境保护法》第八十二条行使行政处罚权的主管部门可以委托工程咨询单位、资产评估机构、会计师事务所等专业机构进行评估确定其总投资额，也可以根据实际情况，探索采取要求建设单位有关责任人出具证明文件、第三方询价等方式对建设项目总投资额进行认定。