这要看整个建筑物的接地系统是怎么样设计的。如果是联合接地系统，接一起我觉得是对的，还做了一次等电位哪。如果，各个接地系统是分开的，就不能混接，因为，各个接地系统的接地电阻值不同。
这只是本人的一点看法，仅供参考。

楼主的问题与标题不一致啊

我帮楼主改了，请楼主以后发贴注意。欢迎支持本论坛！

本人观点：理论上防侧击雷的接地线与均压环连接即可。室内插座接地线在总电源进户处做重复接地和等电位联结，在各户内不应与防雷线连接。避免引入雷电电流。

应该是：防侧击雷的窗户，因为施工方漏焊窗户与均压环的联结镀锌圆钢，而自做主张将窗户与室内插座PE线连接，此工程为４５米高，７层以上金属窗户做防侧击雷接地，为总等电位TN-S系统．现在内外墙已施工完毕，该怎么办？有什么严重后果吗？还望赐教！

不妥，宜拆除该连接。

其实拆除工作量不会很大

不应直接连接，防侧击雷的窗户接地线应该为等电位连接，其线径有最低要求，插座线才多大。防雷接地和保护接地不应是一回事。