现行的法律法规如《中华人民共和国招标投标法》《中华人民共和国招标投标法实施条例》等明确规定应按招标文件和投标文件订立合同，且不得另行订立背离合同实质性内容的补充协议。因此， 两者不同时通常按招标文件执行 。

但是在实践中，建设工程由于其自身的复杂性，对前期准备工作要求较高，很多项目由于工期紧，进行施工招标时往往存在需求不明确、施工图纸不完善的情况，双方只能在施工过程中通过不断签订补充协议的形式进行明确和完善。新签订的补充协议，作为合同的组成部分，极易与招标文件和原合同产生实质性背离，由此引发合同纠纷。

对于施工合同与招投标文件不一致的情况，在司法实践中，各地法院对此类案例的判决结果却不完全统一。那么，是什么原因导致类似的情况，而判决结果不同呢？原来，建设工程由于其自身的复杂性，在合同履行过程中出现的问题也是千差万别。在司法实践中，同样是合同条款与招标文件不一致，但由于给当事方造成巨大损失、合同条款显失公平等适用于情势变更的特殊情况，会使法院对此做出不同的判决。

因此，从定纷止争的角度考虑，建议 招标人 在项目策划阶段做足准备，明确需求，避免后期频繁变更，同时在 编 制招标文件时合理分配风险 ，拟定合同条款时应当保持细微谨慎的态度， 充分考虑两者的一致性 ，同时给投标人充分的答疑时间；而 投标人 则应当在投标阶段认真审查招标文件及相关的配套文件，若 发现问题及时在投标答疑会提出并解决 ，且 签订合同时详细比对招投标文件 ，确保合同与招投标文件内容一致，避免争议发生时各方各执一词，轻则导致项目停滞或收款迟延，重则引起款项损失。