应按批准的施工组织设计方案计算。

不知道你那个超过设计线的开挖指的是什么意思，一般土方开挖不会超过设计线（相对于石方），如果是因为自身原因引起的，结算只能按设计线计算工程量。

对于超过设计开挖线的超挖部分，应该根据现场的实际情况，分以下两种情况来处理。第一、由于地质原因引起的超挖，由于底下开挖开挖是比较复杂的，有时候开挖后才发现实际的地质情况与地质勘察资料不相符，当然这只是局部的。在这种情况下，施工单位就必须通知业主和监理进行现场勘查并做好记录，让业主和监理签证，这种情况的超挖是可以计量的，但必须有现场签证；第二、由于施工单位自身的原因引起的超挖（施工单位技术原因和管理原因），这种超挖是不能计量的，因为业主方提供了地质勘查资料且实际情况与勘察资料相符合，在这种情况下再出现超挖就是施工单位的责任了，就不能计量了，就只能按照设计开挖线进行计量。