河道疏浚，主要赖于人工，后辅以水力和机械。

人工疏浚
据《嘉泰会稽志》载：“投醪河在府西二百步……，唐大和六年观察使陆亘重浚。”据此，绍兴人工疏浚河道当始于此或以前。唐乾宁四年至五代天宝二年(897～909)，吴越王钱镠驻节越州期间曾主持疏浚鉴湖，并制订浚湖规章。北宋熙宁二年(1069)曾巩《序越州鉴湖图》记“故强水土之政，以力本利农，亦皆有数。而钱镠之法最详，至今尚多传于人者，则其利之不废，有以也”，是为绍兴最早之浚湖记载。

此后，人工疏浚河湖，史载不绝。南宋隆兴元年(1163)知府吴芾企图以疏浚复鉴湖，开湖数年，皆复为田。乾道三年(1167)“募人自西兴至大江(钱塘江)疏沙河二十里，并浚闸里运河十三里，通便纲运，民旅皆利”。嘉定十年(1217)郡守汪纲开浚西兴至钱清一带被潮泥淤塞之运河。十七年又浚治郡城内河道。据《明史.河渠志》载，明正统十二年(1447)西小江“为潮水沙涌塞，江与田平……邻田辄受其害”，诏令萧山、山阴两县起役疏浚。嘉靖三年(1524)、四年知府南大吉浚府河、运河、上灶溪等，首尾200余里。时虽旱涝相继，收获、运输如常。崇祯六年(1633)邑人御史金兰捐资再浚府河。清康熙五十一年(1712)知府俞卿浚府河。乾隆五十七年(1792)知府李亨特再浚城河并立碑示禁。道光十五年(1835)夏大旱，山会士绅筹款疏挖城内河道。二十六年(1864)六月知府王德宽浚城河。民国三十六年(1947)八月以富户募费、民众义务劳动形式浚城河与斗门街河。

对三江闸外引河，自清康熙十年(1671)有涨沙之患后，亦疏浚不绝。十一年郡守张三异督令开掘被沙淤之引河。二十二年抚院王国安捐俸千金再浚。二十八年、三十二年，同治五年(1866)、光绪三十年(1904)郡守均主持疏浚。民国十一年(1922)绍萧塘闸工程局，十五年、二十五年、三十七年浙江省建设厅均作过疏浚。

建国后，人工仍是河道疏浚主要手段。50年代以零星疏挖小河为主，60年代以疏挖下游闸江为主，70年代后全面拓浚平原引排水主河，先后人工疏挖偏门、钱清、南门—东湖—皋埠、南钱清—湖塘、加会—华舍、马鞍、陶里、马山等河段。1977年全县民办公助筹资455万元疏挖平原主干河道47公里。1988年疏挖平原小河530条长215公里。到1993年止，全县人工疏浚河道总长826.3公里。小河小溇，则按当地镇村习惯，多有时隔4～5年或视淤积程度，或按村镇规划，依靠群众利用农闲、干旱期间进行疏挖。

水力疏浚
《明史.河渠志》最早载有绍兴实施水力疏浚之举：明宣德十年(1435)“主事沈中言，山阴西小江，上通金、严，下接三江海口，引诸暨、浦江、义乌诸湖水以通舟。江口近淤，宜筑临浦戚堰障诸湖水，俾乃出小江。”清同治四年(1865)三江闸外淤，由在籍侍郎杜莲衢发起，自丁家堰起向东开挖清水沟10余里，引塘外沙地之水冲刷闸外淤沙，以启闸泄涝。同治后清水沟屡经疏挖并延伸至大和山西闸，沿塘长30余里，出口在三江闸外约1公里处汇入闸港以冲淤。光绪年间沟已淤废，于十五年(1889)建成刷沙闸，用水力冲刷闸港，二十二年为泄内涝，知府霍顺武再浚清水沟，三十一年山阴知县又全线浚沟冲港。二十五年重建蒿坝清水闸，开挖闸外水道六百多丈，以为出口刷沙之用。

1964年9月发动沿塘社、队调集水泵32台，并在三江闸内筑坝，向下游翻水冲淤2昼夜，终把闸港冲通而启闸泄涝。较大规模之水力疏浚，被应用于1987年冬拓浚三江闸—新三江闸河段。工程采用人工与水力相结合疏浚方法，关闭上游三江闸，开启下游新三江闸，利用两闸间存水辅以水泵、泥浆泵碎土成流而排出闸外。在浚河土方42.6万立方米中，水力疏浚31.23万立方米，占总量73.3％。1981年建成之新三江闸工程中，附有冲沙泵站专司闸外港道冲淤。在1983年《绍兴县水资源调查及水利区划报告》水资源供需分配中，专列年冲淤水量2000万立方米。

机械疏浚
1962年2月县水利局拨款6万元，由三江塘闸从宁波造船厂购进非自航机电两用链斗式挖泥船一艘(每小时挖泥25立方米，最大挖深4米)，开始疏浚三江、马山两闸闸江。1967年省水电厅拨款购入大连造船厂制造之同类链斗式挖泥机船两艘。自1966年以来采用机械疏浚河道，主要有三江闸经王相桥、西湖头至石泗河段、城区大城湾至轮船码头、东湖至蓄电池厂、钱清街河、下方桥街河、孙端卖鱼桥段、许家桥至大坂洋、夹蓬闸经马鞍至姚家埠闸等。

1979年购入杭州工程船舶修造厂制造之CW-250全液铲斗式挖泥机船一艘(每小时挖泥30立方米，最大挖深3.5米)，又疏浚三江闸至丰收闸、红旗闸至解放闸、娄宫江、漓渚街河、福全松坞江和马山街河等，平均年疏浚量约2万立方米。

1988年春曹娥江出口江床淤高，严重影响绍兴沿海诸闸泄洪。5月10日浙江省副省长许行贯会同省、市、县水利部门研究决定，对曹娥江出口段进行机械拖淤。省水利厅拨款15万元、柴油30吨，由省水利疏浚工程处施工。自5月24日起，采用160马力双主机浅水船两艘，拖带可垂直起落钢结构拆卸式Fs-270型耙具，至6月20日结束。结合上游3次大于500立方米每秒下泄流量冲刷。先后对东进闸、排咸闸段2.5公里、红旗闸、新三江闸段2公里、新三江闸、马山闸段8公里机械拖淤31、47、61小时。据省河口海岸研究所对拖淤前后15个江断面实测，自马山闸至萧山市围涂十五工段之江床，平均高程从3.14米降至2.44米。1993年底，农村有吸泥船74艘。