2、实施中存在的问题
2.1、选址意见书实施中存在的问题
按照我国基本建设程序，建设项目一般要经过项目建议书、可行性研究、设计任务书、设计、施工、验收、试运行几个阶段，这是计划经济下的产物。《建设项目选址管理办法》规定，“设计任务书报请批准时，必须附有城市规划行政主管部门的选址意见书”，“计划行政主管部门在审批项目建议书时，要征求同级人民政府城市规划行政主管部门的意见”，这也带有深深的计划经济的烙印。在我国现行的市场经济体制下，建设投资主体日趋多元化，政府投资工程所占比重正在逐年下降，大量的民间投资工程越来越多。这些民间投资工程，尤其是大量的商品房、集体和个体经济组织的办公、厂房、商贸、住宅、培训等用房，对于这类比较简单的一般民用与工业建筑，不需要像大型厂房那样按照严格而繁琐的基建程序。这类工程的建设程序有所简化，不再需要计划行政主管部门下达计划，也就不存在审批设计任务书。因此，《建设项目选址管理办法》中规定的选址意见书的核发环节也就落了空。对于这类建设项目，城市规划行政主管部门在管理中对于需要申请用地的，一般直接核发建设用地规划许可证，不再核发选址意见书。
2.2、建设用地规划许可证实施中存在的问题
建设用地规划许可证的核发范围，有两种情况。一种是《城市规划法》规定的需要申请用地的，由用地单位向城市规划行政主管部门申请建设用地规划许可证；另一种是92年建设部发布的《城市国有土地使用权出让转让规划管理办法》中规定的城市国有土地使用权出让转让时，由土地受让方向城市规划行政主管部门申请建设用地规划许可证。实际上还有一种情况也需要申请建设用地规划许可证，那就是在自有用地范围内改变用地性质进行建设的。这种情况目前比较多，许多厂矿企业正在逐步实施“退二进三”战略（退出第二产业，从事第三产业），需要将现有的仓储用地、工业用地改变为居住用地、公共设施用地，这都需要向城市规划行政主管部门申请建设用地规划许可证，以便向土地行政主管部门申请办理国有土地使用权证变更手续（土地用途变更）。在自有用地范围内但不改变用地性质进行建设的，就不需要申请建设用地规划许可证，可直接申请建设工程规划许可证。
对建设用地规划许可证的核发程序，建设部《关于统一实行建设用地规划许可证和建设工程规划许可证的通知》规定，用地单位必须持国家批准建设项目的有关文件，向城市规划行政主管部门提出申请，对于大量的由民间资本投资的一般工业与民用建设工程，在现行的市场经济体制下，计划行政主管部门已不再列入审批事项，也就是说这类建设工程已没有国家批准文件，这就与《关于统一实行建设用地规划许可证和建设工程规划许可证的通知》规定的建设用地规划许可证的核发条件出现了矛盾。
随着我国城市土地使用权管理制度的改革，目前城市土地一级市场已由政府垄断，各建设单位的经营性用地需要从土地管理部门那里通过招标、拍卖、挂牌出让等方式取得，不再直接征用集体土地，这对建设用地规划许可证的核发又提出了新的要求，需要探讨新的管理办法。
2.3、建设工程规划许可证实施中存在的问题
建设工程规划许可证的内容比较简单，仅有建设单位、项目名称、建设位置、建设规模、附图及附件名称等内容，比较简单，对于建筑物、构筑物、管线和其它工程设施等不同类型的建设工程，难以全面、准确地反映其不同要求。因此，建设工程规划许可证附注栏标注，建设工程规划许可证的附图和附件与本证具有同等法律效力。但是对于附图及附件的具体内容、格式没有作要求，而是授权由发证单位确定。
在实际操作中，一些地方是以文件的方式，对建筑物、构筑物的高度、层数、面积、尺寸、出入口方位、四邻界限，应配备的停车场、绿地及其它附属设施，对工程管线的名称、规格、埋深（或架空高度）、走向、位置，对道路的宽度、长度、板块形式、工程管线的布设及其它附属设施等内容，作了详细的规定，然后依此为主要依据，审查其施工图，最后核发建设工程规划许可证。相当一部分建设单位认为一旦取得了城市规划主管部门对建设工程的批文，就取得了该工程的合法建设手续，而对法定的建设工程规划许可证却并不重视，认为可有可无。一些地方城市规划主管部门以文件代替建设工程规划许可证的现象还比较普遍。一些地方为了防止建设单位随意改变规划审批要求，在工程竣工验收合格后才予核发建设工程规划许可证，如果违章就不予核发，以此作为控制建设单位的一种手段，结果使核发程序倒置。
2.4、“一书两证”管理制度与《行政许可法》要求的不一致问题
按照现行管理制度，建设单位要建设一个项目，往往要经过计划部门（项目建议书、设计任务书、可研报告等的审批）、国土部门（用地审批）、规划部门（核发选址意见书、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证）、建设部门（施工许可证的核发等）、消防部门（消防审查）、人防部门（人防设施审查）、环保部门（环境影响评价

3、几点思考
3.1、修改原规定中不合时宜的地方
《城市规划法》和《关于统一实行建设用地规划许可证和建设工程规划许可证的通知》，都规定在申请“一书两证”时应提供国家对项目的批准文件，在投资主体日趋多元化的今天，国家对建设项目的立项审批已经放开，大量的由民间资本投资的一般工程已不再立项。因此，可将该项要求改为政府投资工程和大中型项目、限额以上项目，在申请“一书两证”时应提供国家对项目的批准文件。对民间资本投资的一般工业与民用建筑，不再要求提供国家批准文件。
3.2、明确“一书两证”的发放范围
一般工业与民用建筑，建设程序比较简单，一般不需要进行可行性研究，不必核发选址意见书，可根据需要直接核发建设用地规划许可证或建设工程规划许可证。
建设用地规划许可证的核发范围，可明确为三种情况：一是需要新申请建设用地的，二是利用自有用地但改变用地性质的，三是进行国有土地使用权出让转让的。在自有用地上且不改变用地性质进行建设的工程项目不需要核发建设用地规划许可证。建设工程规划许可证则是对所有新建、扩建、改建建筑物、构筑物、道路、管线和其它工程设施都必须核发的。
3.4、建议对建设工程规划许可证内容深化
针对不同种类的建设工程，将建设工程规划许可证分为建筑类、道路类、管线工程类。建筑类建设工程规划许可证内容除包括建设单位、项目名称、建设规模外，增加建筑示意图（图上标注建筑层数、尺寸、四临界限、主出入口方位）。道路类建设工程规划许可证内容包括建设单位、道路名称、道路长度、宽度、路幅结构及其它注意事项（提出工程管线布设方式、绿化、路灯、垃圾箱、广告牌、候车亭等附属设施布设要求）。管线工程类建设工程规划许可证内容包括建设单位、建设位置、管线种类、规格、长度、敷设方式、埋深（或架空高度）、距道路中线距离。
3．5、对于需要申请用地的，建设单位直接向土地主管部门申报，由土地主管部门征求城市规划主管部门意见后，办理土地审批手续，核发国有土地使用权证。建设单位不再另行向城市规划主管部门申请办理建设用地规划手续。对于申请建设工程许可的，城市规划主管部门在下达建设工程规划设计条件后就核发《建设工程规划许可证》，不再审查建筑设计方案及施工图。通过加强对建筑设计单位、施工单位、监理单位、质检单位等的管理及对建设项目的批后跟踪监督检查来保证建设单位按规划设计条件要求执行。
3．6、城市规划主管部门参与建设项目竣工验收，对于完全按照城市规划主管部门下达的规划设计条件进行建设的项目，核发建设项目规划验收合格证，房地产主管部门将其作为办理房屋产权证的不备要件之一。