根据楼主的情况，应该使用的是预制管桩，正常情况下，桩基可以承载大部分的荷载，但是有的时候设计还是利用地基土的承载力的，这种情况最好同设计和勘察商讨一下如何处理。

表述问题不清楚。
理解是承台下部土方被挠动过，一般设计的桩基不存在这个问题。如果对于多桩（4桩以上）承台、且设计考虑桩土复合作用设计复合基桩，则应该进行处理。
具体的可以联系设计院解释。

补充问题，本工地为混凝土灌注桩，在基槽开挖时，要进行截桩，然后开挖集水坑和电梯井，集水坑和电梯井深度为2米左右，部分土超挖。为了运桩头，小型挖掘机械进入基坑，基坑底部只是预留了150左右的土，待人工清土。如果小型机械进入是不是 存在扰动地基土，如果地基土超挖后，是不是回填原状土就可以了？

补充问题，本工地为混凝土灌注桩，在基槽开挖时，要进行截桩，然后开挖集水坑和电梯井，集水坑和电梯井深度为2米左右，部分土超挖。为了运桩头，小型挖掘机械进入基坑，基坑底部只是预留了150左右的土，待人工清土。如果小型机械进入是不是 存在扰动地基土，如果地基土超挖后，是不是回填原状土就可以了？

不是复合基桩，地基土超挖后，回填就可以了。属于复合基桩，挠动土层必须处理。
属不属于复合基桩，设计院确定，图纸会审时也可以问。一般设计院很少设计复合基桩。
钻孔灌注桩、人工挖孔桩，一般都是独立桩基。我施工到现在，没有发现设计交底为复合基桩的。对于沉管灌注桩，多桩承台，结构简单，可能会有复合基桩存在。
我自己设计塔吊基础时（费用包干），曾经出现选用管桩，单节，计算不满足，只有按复合基桩设计，验算满足，报监理通过，组织设施。设计院很少会考虑这方面成本的。

清除扰动层

钻孔灌注桩、人工挖孔桩，一般都是独立桩基,我们这个项目的是，桩基，承台梁、基础梁、承台、防水板组合的基础。要是分类我还真说不出来具体是啥基础。图纸上只是说了个桩基础。我设计的塔吊基础，是天然塔吊基础，直接坐在基地土上，土是细中砂，地基承载力一修正就算过去了。

基础下卧的话，将来楼的整体标高不就下降啦！设计要不同意 那咋办？