太湖位于长江三角洲的核心，是沿湖众多城镇乃至上海的重要水源地，也是维系区域生态平衡的重要保障。长期以来，国家高度重视太湖水污染治理工作，相继实施了太湖水污染治理零点行动和863“太湖水污染控制与水体修复技术及工程示范”等一系列重大治理项目，在遏制太湖水质恶化趋势、改善局部水域环境等方面，取得了明显成效。但是，由于太湖流域正处于工业化和城市化加速发展时期，大量的工业和城镇污水难以完全得到控制，加之面广量大的农村面源污染，导致太湖水质持续恶化和水体富营养化日益加重，直接威胁区域供水和生态安全，危及人民身体健康和社会稳定。新近颁布的国家中长期发展规划纲要，明确将水体污染控制与治理纳入十六个重大专项之中，太湖水污染治理仍将成为“十一五”水专项实施的重点。