我也在做厂房。说实话，我不太赞同你说的。
既然你的水泵房能放在厂房内，为什么冷却塔不能就近放置呢？
一：冷却塔进出水管线较多：有循环进出水，补给水，溢流水，排污水等管线。这样穿越厂区道路的话，很容易出问题，且不容易检修。
二：看冷却塔大小而定。如果冷却塔不是很大，可以就近放置在厂房周围的绿化上。如果你有10*10的话（估计没有那么大，那么大的冷却塔得供应多大的冷却系统呀），那不知道了。
三：冷却塔隔离水泵房，造价要增加很多。管子先不算，至少筏门你得加倍。
四：建议问问甲方意见。因为他们才是出钱的人