传统的做法往往把河坡搞成直立式，或用块石和水泥板覆盖河坡并勾缝，其实这样在不知不觉中已经破坏了生物的生长环境。从修复水生态系统出发，有条件的河坡都应植上草坪或灌木。

护坡上的草坪和灌木所起的作用很大：

1）草坪和灌木与土壤形成的土壤生物体系，同样可以像两岸的树林与草坪一样，起到减少有机物对河道、湖泊的冲击和营养化程度的作用，有些灌木的根须还能够直接伸到水体中吸收水中的营养成分；

2）河坡是水域向陆域的自然过渡带，草坪和灌木与土壤的结合，改善了温度、湿度，提供了食物；

3）在稳定边坡、防止水土流失的同时，改变了护坡硬、直、光的形象，给人们以绿色、柔和、多彩的享受。

城市化地区的部分河道，由于整个地区水面积的严重不足，为了确保水安全，提高河道汛期的蓄水量，不得已加高加固了防汛墙。弥补的办法是，在墙的陆域一侧种植绿色的 爬藤植物，从下爬到上，到了顶以后从上爬到下，一直到水面；有条件的地区，可在防汛墙的两面依墙分层建一些条式和点式的花坛，种上灌木或花草；硬质结构的直立或斜坡式护坡，宜种植一些垂枝灌木。

水边是水生态系统里一个非常重要的组成部分，要尽可能构建 挺水植物多样性的环境。在种植方法上，一般可以直接栽在河边的滩地上、斜坡上，也可栽在盆、缸及竹木框之类的容器做成的定床上（ 生态浮岛）；直立式防汛墙的下面，在不影响河道断面的基础上，利用河底淤泥在墙边构筑一定宽度并有斜坡的 湿地带，创造挺水植物生长的条件。

新的河道治理理念，要求在基本满足行洪需求的基础上， 宜宽则宽、 宜弯则弯、 宜深则深、 宜浅则浅，形成河道的多形态、水流的多样性。其作用有两条：

1) 水流的多样性，能够满足不同生物在不同阶段对水流的需要；

2) 河道的多形态、水流的多样性本身是水系景观的一个重要组成部分。

河流、湖泊中的湿地，是修复水生态系统的一个重要手段，也可以称为土壤生物工程，国内外有些中、小城市甚至用来处理城市的生活污水。河道与湖泊的治理中，在基本不影响行洪和槽蓄功能的前提下，应尽可能保留和建设一些湿地，一切都要因地制宜。另外，湿地也是水景观中不可多得的重要一笔，它充满了野趣、野味和自然气息，是人们回归自然的一种象征。

水面上的植物有两种，一种是根在水里的漂浮植物，如水葫芦、水葫狸等；另一种是根在河、湖底泥里的浮叶植物，如荷花、水鳖等。通过漂浮及浮叶植物的种植，一方面利用职务根茎吸收污染物，净化水质；一方面形成荷花摇曳、睡莲飘香等水面景观。

实践证明，水草（沉水植物）茂盛的水体，往往水质很好，而且清澈见底。人工种植水草，也是修复河道、湖泊水生态系统的重要一环。

在放养鱼虾时，要注意食草性、食杂性、食肉性之间的搭配。鱼虾在的水里自由洄游，在水面泛起阵阵涟漪，使河道、湖泊显得生机蓬勃。

螺蚌等贝壳类动物和大量的底栖动物，在水底形成了另一个世界，它们是名副其实的水底清道夫，其作用不可小看。

人们肉眼看不到的细菌、真菌、放线菌、土壤原生动物等生物种群的生存和繁衍，不断地将水中的有机物质分解成无机物质和水，它们需要充足的氧气，所以，应尽量用各种方法和手段进行曝氧，通过增加水体中氧气的方法来促使好氧细菌的生长繁殖，以达到增强和加快分解水中有机污染物的目的。

修复水生态系统，需要通过努力，连接河道、湖泊中产生者―消费者―还原者的生物链，并积极地、经常不断地进行必要的干预，促使其达到平衡，建立长效运管机制保证河道水质稳定。