1、费用项目构成的变化
（1）把原96编制办法中施工技术装备费取消；计划利润变为利润，而且由原来的4%提高到7%；
（2）取费标准工程类别增加了与商品砼和外购构件相对应的构造物III；
（3）其他工程费（原其他直接费）费用项目做了调整和增加，比如　将现行编制办法的高原施工增加费、沿海地区工程施工增加费和新增的风沙地区施工增加费，统一归纳为特殊地区施工增加费；
（4）间接费（新间接费合并原现场经费（除工地转移）与原间接费，同时增加规费）。规费是指国家法律、法规规定的内容。间接费中将养老保险金、失业保险费、医疗保险费、住房公积金、工伤保险费统一划入规费内（第一次在公路工程的概预算编制办法中提出规费的概念）；
（5）增加了竣（交）工验收试验费，将《96编制办法》中单列的勘察设计费归入前期工作费中等;增加了安全及文明施工措施费。新增了联合试运转和生产人员培训费。
（6）预备费用中的基本预备费，增加了：投保的工程根据工程特点和保险合同发生的工程保险费用。
（7）设备购置费中，增加了进口设备的细目和费用计算方法。
（8）修订土地征用及拆迁补偿费内容和标准。
（9）高原地区施工增加费。在96编制办法中，高原地区施工增费系指在海拔高度2000m以上地区施工，由于受气候、气压的影响，致使人工、机械效率降低而增加的费用。在2007的编制办法中，高原施工增加费的费率从海拔1500ｍ以上开始计取；对一些海拔高度做了细化，比如将原来的2001－3000，分开细化为两个档：2001－2500和2501－3000；等等
（10）行车干扰。费率有很大下调，同时增加了施工期平均每昼夜双向行车次数范围划分档。原最大1000以上，现增加1000－2000，直至5000以上，共增加5个档，由原来的3个增加到8个。
2、费用基数的变化
(1)费用名称含义的变化
原96编制办法中规定：
a、直接费——即工、料、机费，指按本办法规定计算的工程所在地的人工费、材料费、机械使用费之和。
b、直接工程费——指直接费与其他直接费、现场经费之和。
2007新编制办法中规定：
a、直接费——由直接工程费及其他工程费组成。
b、直接工程费——是指施工过程中耗费的构成工程实体和有助于工程形成的各项费用，包括人工费、材料费、施工机械使用费。
（2）计算基数的增加
原96编制办法中，主要有两种计算基数：
定额直接费——定额直接费是计算其他直接费和现场经费的基数。
定额直接工程费——定额直接工程费是计算间接费的基数。
2007新编制办法中，有多种计算基数：
ａ、以直接工程费（即工、料、机费）为基数的：其他工程费中的：冬季施工增加费、雨季施工增加费、夜间施工增加费、安全及文明施工措施费、临时设施、施工辅助费、工地转移费等。特殊地区施工增加费中的沿海地区工程施工增加费。
b、以人工费为基数：比如规费、辅助生产间接费
c、以人工费和机械费之和为基数的：特殊地区施工增加费中的高原地区和风沙地区施工增加费；行车干扰工程施工增加费
d、以直接费为基数：企业管理费；
e、以建筑安装工程费总额为基数：建设项目管理费。包括建设单位（业主）管理费、工程质量监督费，工程监理费，工程定额测定费、设计文件审查费。（其中的竣（交）工验收试验检测费，以金额计，不以基数计算。）；以及联合试运转费。
3、费率水平的变化
各项费率均做了不同程度的调整，以下调为多。
（1）其他工程费费率(%)
冬季施工增加费：下调最大的人工土方均下调70%左右；下调幅度最低的技术复杂大桥均下调30%

雨季施工增加费：下调最大的人工石方均下调71%左右；下调幅度最低的高级路面均下调40%；

夜间施工增加费：除新增的类别构造物III提高40%外，其余下降30%（原统一是0.5%）
特殊地区施工增加费　　高原地区施工增加费：有升有降，绝大多数上调。

其他在此不做详述，略

（2）建设单位（业主）管理费

除增加了300000以上的档外，按建筑安装工程费总额各档费率均有上调，最大幅度是200001以上的档，原来是0.14%，上调到0.43%，调整幅度达207%；调整最小的是500W的档，由原来的1.68上调到3.48，也有上浮108%。
4、项目模板的变化
原96编制办法中，概、预算项目表分路线工程概、预算项目表和独立桥梁工程概、预算项目表两种项目模板
新2007编制办法中，按照公路国际、国内招标文件清单范本进行细化，不再分独立桥梁和路线两种。
5、其他几个主要变化
（1）人工费计算中的年有效施工天数提高。
原96年编制办法为225天；2007新编制办法增加为240天，变为：人工费（元/ 工日）=[基本工资（元/月）+地区生活补贴（元/月）+工资性津贴（元/月）] *（1+14%）*12月/240（工日）；
（2）96编制办法中，生产工人基本工资标准，按工资区类别进行划分；
2007新编制办法中，生产工人基本工资按工程所在地政府主管部门发布的最低工资标准的1.2倍计算。表现得更加灵活，一般情况下这种方式计算的人工费，要比原金额提高很多，有的一倍左右。
（3）建设单位（业主）管理费和工程监理费这次有很大幅度的上调，并说明此两项费用均为实施建设项目管理的费用，执行时可根据建设单位（业主）和施工监理单位所实际承担的工作内容和工作量统筹使用。这样的调整以后，费率提高的同时，建设单位也有了很大的灵活性。