二、北京市政府及其相关部门对国有土地协议出让相关规定的演变
　　
　　2002年6月30日以前，在北京市利用国有土地进行房地产开发一般采用协议出让方式。
　　从2002年7月1日起，在北京市利用国有土地进行房地产开发的出让方式发生了两次重大变化：
　　第一次重大变化：除五种情况外，改为招标、拍卖或挂牌方式出让。
　　2002年6月28日北京市人民政府办公厅发布《关于停止经营性项目国有土地使用权协议出让的有关规定》（京政办发[2002]33号文件）（以下简称“33号文”）。33号文规定除下列五种情况外，自2002年7月1日起，凡在北京市利用国有土地进行经营性开发的项目用地的出让，由协议出让改为招标、拍卖或挂牌方式进行公开交易：（1）绿化隔离带项目；（2）小城镇建设项目；（3）危旧房改造项目以及其他重大建设项目中的经营性项目用地，因和其他非经营性项目确实不可分割，而不能进入市土地交易市场公开交易的；（4）属于规划为高科技、工业用途的经营性项目用地确需协议出让的；（5）市政府批准的其他经营性项目用地。
　　第二次重大变化：只保留一种例外情况，一律改为招标、拍卖或挂牌方式。
　　2004年1月31日北京市人民政府办公厅发布《北京市人民政府办公厅转发市国土房管局等部门关于停止经营性项目国有土地使用权协议出让补充规定的通知》（京政办发[2004]4号），取消了33号文的例外情况，规定除房改带危改项目利用划拨土地进行开发建设一种情况外，从2004年1月9日起均需通过招标、拍卖、挂牌方式在土地交易市场公开进行。同时明确规定，下列情况在办理国有土地使用权出让时，均须通过招标、拍卖、挂牌方式在土地交易市场公开进行：（1）除房改带危改项目外，利用划拨土地进行经营性开发建设的；（2）改变用地使用性质，进行经营性开发建设的；（3）基建项目转为开发项目的；（4）项目主体发生变化的。而对于在2004年1月9日以前政府有关部门已经受理的上述四类项目，由有关部门提出处理意见，并报市政府批准后执行。
　　2004年1月9日，北京市国土资源和房屋管理局、北京市发展和改革委员会、北京市建设委员会、北京市规划委员会联合发出《关于经营性项目暂停受理审批的通知》，决定自2004年1月9日起，北京市各级发展改革、建设、规划、国土房管等部门暂停受理审批开发建设单位申报的经营性项目立项、规划审批和国有土地使用权协议出让，今后按市政府发布的相关规定执行。
　　2004年8月9日北京市人民政府转发北京市国土资源局、北京市发展和改革委员会、北京市规划委员会、北京市建设委员会、北京市监察局制定的《北京市处理经营性用地历史遗留问题的政策界定标准》，该标准仍然坚持了33号文的原则，以2002年7月1日为限，此前取得项目建议书批复和规划批准文件、相关批文在有效期内且符合其他条件的，方可归入历史遗留问题项目进行协议出让审查和管理。
　　2004年3月17日、5月28日、8月26日，北京市国土资源和房屋管理局（北京市国土资源局）分别公布了第一批、第二批、第三批以协议方式出让的历史遗留项目。至此，北京市经营性项目国有土地使用权结束了协议出让的历史，进入公开交易的时代。
土地出让金是中央土地调控政策失效的罪魁祸首
【星岛网讯】根据一项专业调研，在很多地方土地收入已占到地方财政收入的一半以上。其中土地直接税收及由此带来的间接税收，占地方预算内收入的40％，而出让金净收入，又占政府预算外收入的60％以上。如此，中央此前的土地调控政策，很多时候都被消弭于无形收效甚微。土地出让金因此也成了政令不通的“罪魁祸首”。
　　据《财经时报》报道，在国家发改委国家统计局最新公布的资料中，今年8月在全国70个大中城市中，房屋销售价格同比下降的城市仍然只有上海一个，这是上海房价连续下滑的第8个月。与此同时，上半年上海市房地产税收锐减40.5亿元，影响地方财政收入5.1个百分点。据统计，房地产税收及土地相关收入，占上海财政收入的25％。
　　9月5日，国务院公布了《国务院关于加强土地调控有关问题的通知》（下称“《通知》”），将国有土地使用权出让总价款全额纳入地方预算缴入地方国库，实行“收支两条线”管理，直指地方政府以地生财的“软肋”。
　　刀动到了“根”上，阵痛就随之来了。按照上海市社科院所做的调查，在长三角地区，农地征用价格为37.5万－45万元／公顷，农地一级市场出让价格为210万－525万元／公顷，二级市场价格为1125万－2250万元／公顷。
　　在城市化的进程中，土地价值几十倍甚至上百倍地升值，地方政府因此获益颇丰。2005年，中国财政收入首次突破3万亿元，而同年，作为地方政府预算外收入的土地出让金收入，就高达5500亿元。
　　预算内资金是解决地方政府的吃饭问题，而预算外资金，则是地方政府进行城市扩张、建设的主要来源。土地违规案件也因此层出不穷。
　　6月27日，国家审计署审计长李金华，在向全国人大常委会作的《关于2005年度中央预算执行的审计工作报告》中披露，2003年至2005年6月，上海、天津、江苏、浙江、江西和四川6个省（市）所属87个开发区中，有60个违规低价出让土地7873万平方米，少收土地出让金55.65亿元。
　　在这一背景下，中央一直力图收紧土地出让金，旨在对土地出让金收入、分配、解缴和划拨等工作给予详细规范的《土地出让金收支管理办法》（下称《办法》），将有望在年内出台。
　　《办法》将使“土地出让金全额进入地方预算”政策落地，这一点地方政府并无异议。而争决不下的问题，则是土地出让金收支专户的管理归属问题。《通知》说将建立土地出让金收支专户，但这一专户是设在财政部还是地方，成为地方最关心的问题。而这一点，将在《办法》中明确。
　　主流的观点是，省级土地出让金的专户设在财政部，再由财政部返给地方，而省以下的则放在省财政部门。
　　这样一来，土地出让金的征收和使用情况就纳入了财政部的监管。
　　与此同时，土地出让金的征收，是归属财政部门还是国土部门，也在热议当中。
　　“中央的思路是由财政部门征收，这样一来，土地出让金中‘小金库’的操作空间就会大为减少，但最后还要看中央和地方沟通的结果。”一位不愿透露姓名的专业人士如是说。
　　按照上海媒体的报道，受宏观调控影响，今年上半年，上海房地产税收仅完成191.9亿元（其中土地出让金部分约为140亿元），同比下降17.4％。为弥补急剧减少的房地产税收，上海市财政部门正酝酿征收土地增值税。
　　土地增值税是针对有偿转让国有土地使用权、地上建筑物和其他附着物产权，从而取得增值性收入征收的一种税，实行四级累进税率，根据增值额不同，缴纳比例从30％至60％不等。
　　根据现行税法，土地增值税从1994年1月1日在全国开征。而目前一般采用预征的方法，如广州预征比例为开发专案总价的0.5％~1％，上海为1％。
　　但在实际操作中，土地增值税少收、不收的现象比比皆是。而土地增值部分，也正是开发商的主要利润来源。