首先，必须要弄清楚，设计图上的建筑物的基础标高，与实际地形是否符合？如不符，应及时以联系单的形式，知会工程各有关方。特别是请设计方拿出方案。
根据你所说的情况，应该是要做人工地基了。你所说的砂卵石回填基础，是设计的补充方案吗？若是，那么，设计图纸应该有详细地说明。如砂卵石的粒径，级配，压实度，分层碾压的厚度，等等，都应该有详细地交代。
一般来说，本工程只是一些普通的，建筑层高或自重指标均不是太大的话，根据设计与施工经验就能满足要求，那么，在各方取得一致共识的前提下，有关试验可以免做。如果是一些比较重要的建筑部位，回填料，土性混杂，有关各方分歧很大，这时，就应该要补充一些必须的诸如静载之类的试验，让试验数据来作最后的结论。
有关费用的问题，看原来施工合同中有关条款，是否对此有涉及？若有，那么按合同办。若没有，设计愿做变更，按变更通知，各方协商。施工方可补充单价，重新报价。毕竟人家做了事，该给的钱，还是要给的。
最后，这件事上，相关的文件一定要准备齐全，毕竟，最终还要为未来的工程验收做好准备。否则，到时候，补做文件，补签字，等等，麻烦很多！

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看看你们合同里对这部分换填项目是如何约定的，如果也是分包出去的，相关的实验费用就应该包括在单价里，就应该由分包进行实验并出费用。

肯定要做，这是工程竣工验收内业资料的一部分，费用应该包含在总包合同内了。如果属于设计变更相关费用需要由总包和建设单位协商后由建设单位承担。

要做一下实验的