仅就一次地震而言，一般情况来说，离震中越近地震作用越大。(仅仅是一般情况)
但如果该地区附近有多处断层可能发生地震的话，远震传过来的地震波里面，长周期的部分要多于近震的。因为土体的滤波作用，使得高频部分在传播中损耗大于低频部分。
规范的意思，我理解是这样的：这个规定主要针对场地特性的频谱，远震引起的地震动，基本周期长于近震。
你说的矛盾，我觉得可以这样理解：一个地区可能遭受不同距离不同强度的地震。在造成该地区加速度峰值相同的前提下（此时的远震比近震强度大），远震引起中长周期结构的破坏会大于近震。