发电机转子偏心时，会导致（裂相）横差保护不平衡电流增加，随着偏心率的增大，可能会导致（裂相）横差保护误动。因此，应该注意以下两点：1）发电机安装时尽量确保转子不要偏心；2）（裂相）横差保护定值整定时应考虑到转子偏心的影响。
目前由于转子偏心导致发电机横差保护差流报警的事例已多次发生，逐步将会引起大家的重视
此外，当转子绕组发生两点接地时，转子磁通的对称性遭到破坏，而定子同相并连绕组在不对称主磁通作用下，就会感应出不等的电动势，从而形成环流，导致横差保护误动。

为防止此情况下横差保护误动，通常采用发电机发生转子一点接地后，横差保护自动增加延时躲过。

现在也有观点认为，转子绕组一旦发生了两点接地故障将严重威胁机组的安全，可能烧伤转子本体、引起严重的振动，甚至会因此而造成灾难性的后果，此时由横差保护快速切除该故障，从保护机组的角度也未尝不可。