经济社会的不断发展，水利建设项目中的问题也不断发生着变化，在新时期十八大和十八届三中全会关于水利工程文明建设的指导下，我国的水利工程因逐步从传统型向着现代化、多元化、生态化以及科技化的方向转型。虽然各地水利建设的速度在逐步加快，但是实践中，水利工程还存在着许多不足亟需改进，例如法人责任制度不明确、质量监测流于形式，项目法人偷工减料、违法分包和转包现象普遍存在。这些问题都亟需解决，才能保证水利工程管理工作能够向着健康、稳定以及可持续的方向发展。
　一、水利工程管理中存在的问题
　　1．作为“三项制度”的核心制度，项目法人责任制却落实不够到位，部分法人建设不规范，甚至企业未组建项目法人，责任主体严重缺位，政府通过行政干预，却仅仅重视工期而忽略工程质量，且资金不能按时落实到位的现象也广泛存在。
　　2．招投标管理缺乏应有的规范，违规操作现象严重，部分企业甚至委托那些没有资质的设计施工单位参与工程建设，部分企业中的工作人员受经济利益的诱惑，采取层层分包的形式赚取中间差价，违法分包和违法转包的现象时有发生。在招投标管理中存在不少问题。监理也往往流于形式，导致许多不合格的工程被验收合格，严重影响着我国水利工程的发展。
　　3．完善监管制度，严格审查工程质量。由于稽查的范围较小，影响力也较小，通常，稽查整改的到位率不足，监督力度较小，甚至部分市的质量监督机构还未完全独立，政府质量监督管理机构的职责范围以及法律责任还不够明确，缺乏相应的专业管理人员，质量监测工作还有许多不完善之处亟需改进。
　　4．质量把关不严，层层分包现象普遍存在，验收工作缺乏规范化管理。例如病险水库除险加固工作由于验收工作的效率低下，甚至已经严重影响了整个施工工作的效率。由于层层分包，资金被层层剥削，工程资金流失现象严重，导致部分企业为了节省成本，采取偷工减料的方法建设水利工程，加上验收工作流于形式，导致许多不合格的工程被验收为合格并最终投入使用，最终会导致后期维修的隐性成本大大增加。
5．工程项目资金，作为一项综合性、复杂性的工程，水利工程关系到国泰民安，虽然我国水利工程已经很大的发展，但是资金落实不到位、资金缺口较大的缺陷还是客观存在，使水利工程的发展受到了严重阻碍。
　　二、水利工程管理的解决对策
　　依法确定项目法人的主体地位，明确规范其职责范围。加强对法人项目基本条件的管理力度，针对项目法人的行为制定严格的考核管理制度，加强对项目法人的行为的规范管理力度，制定可行的考核管理的办法和标准，推行合理低价中标制度，避免恶意低价中标现象的产生。加强对招标代理机构以及评标人的管理，严格禁止转包和违法分包现象的发生。