先打桩后开挖到地下一层，然后一边上主体一边施工地下层。貌似这个叫做什么后做法。

违反施工常识，但也不是不可以施工的，须采取支护措施、增加费用而已。没图纸，不了解实情，不敢提具体建议。

这样的施工顺序貌是先后不同工序的施工，其实就是最常规的施工工序。建议你：
1.做好高度部位的支护；
2.宜在施工主体结构基础时，把地下车库的一部分基础带出来，现在不是流行设后浇带吗，就设一条后浇带来处理。这样不仅可以解决基础高低差的问题，也可以解决刚度突变的问题。这应该是最好的处理方案，也是可行的处理方案，且质量高一定可以保证。