看合同约定。一般合同都应该有竣工结算时超过或少于百分之多少然后重新进行计算的（跟清单相比，否则甲乙双方的风险都过大；而合同应该有约定是否以清单为准，如果提供给了甲方清单，那么就按实际的与清单比较看增减量，没有超过这个比例就按包干结算就行了。
你看看你的合同，如果没有相应的条款，那就和甲方协商处理吧。

要是没有太大的出入就算了,要是有较大的分项,建议和甲方进行协商

清单（合同文件的组成部分）内已明确指出：对原来的部分管线进行更换。
施工单位只进行了维修，而不是更换，如果争得建设单位的书面同意，则不构成违约，应按增减工程进行结算；
如果没有争得建设单位书面同意，而是施工单位自己的意愿，则是没有按照合同的约定进行施工，你可以不做调整（属于偷工减料的行为）；原则上应先争得建设单位得书面确认后，再按照建设单位得意见施工，结算是按照增减工程结算。

谢谢各位！

检查下合同和清单,如缺项了就补个报价,你们核价.
多项问题不大,没什么影响.

看来签的是总价合同,工程量变化的风险与材料变化的风险都要由施工方承担了.

你提的这个问题挺好的,从甲方角度来说这是负变更签证的,要从合同总价款中扣钱的,一般施工单位是不愿意提出的.对此要主动和甲方协商,但是前提就是更换变维修必须事先征的甲方同意的,否则就成了严重违约了.