只要不小于负荷总电流应该没问题，

那按道理,两台互为备用的时候,不是要两倍的进线断路器的电流.因为切换时,一台理论上要带两台的负荷?

如果选择一样的话,那负荷达到整定值时,是先跳哪个?进线还是母联?

一般先跳进线。（进线是总负荷，母联是部分负荷）
按道理,两台互为备用的时候,进线断路器要两倍的电流.因为切换时,一台理论上要带两台的负荷。所以母联断路器可按小一级的选取。

按可能流过母联的最大电流选择！

假如进线用1600A的断路器，则母联可以用1000A的断路器
这是我公司的做法。

同意。母联可按进线的60%左右选择。
但也可考虑下述方案：
1.母联与进线完全相同（整定不同），主要是考虑互为备用问题。实际效果不错。
2.母联采用隔离开关，缺点是对操作人员有要求，优点是省钱哪。也有不少业主同意该方案。

具体问题具体分析
有时要一样大的，有时可以小...

母连断路器整定值应该比进线开关小，可以起到分段保护作用。