灾害发生地区恰恰是生物多样性丰富、生态环境非常敏感的地区，是长江上游重要的生态屏障。灾区地处岷山——横断山生物多样性保护关键地区。地震对灾区脆弱的生态环境造成了极大破坏，可能会严重损害灾区生态系统的基础。
一是导致了山体滑坡、泥石流等次生地质环境灾害；二是产生了严重的水环境安全隐患。防疫过程中使用的大量消毒剂、灭菌剂，以及生活垃圾、生活污水、腐烂动物尸体等，也将威胁到河流水环境和群众饮用水的安全；三是破坏了当地生态系统的平衡。地震将改变部分珍稀动物的食物结构和生活习性，并直接导致其数量的减少，并造成了生态功能的下降；四是造成了土壤和地下水污染隐患。