我认为你说的两种情况都是可以的。只是要尽量的避免系梁与基础之间形成短柱。

关键是上部结构的嵌固端取在何处，若取在基础梁顶必须保证基础与基础梁形成整体。

基础系梁的设计要看情况吧，如果基础埋深浅，可以做在基础顶面；如果基础埋深大，再加上底层层高很高，做在基础顶部是不合适的，首先是底部的填充墙从系梁上起太高，另外底层柱的计算长度太大，估计位移比很难满足，否则柱子截面太大，我一般是基础上起基础短柱，按照高杯口基础短柱要求来做，然后在-0.6左右设置基础系梁，把基础短柱当作上部柱子的嵌固端。