AAO生物脱氮除磷的功能是去除有机物、脱氮、除磷三种功能的综合，因而其工艺参数应同时满足各种功能的要求，如能有效地脱氮除磷，一般也能同时高效地去除BOD5。但除磷和脱氮往往是相互矛盾的，具体表现在某些参数上，这些参数只能局限在某一狭窄范围内。这是AAO系统工艺控制较复杂的主要原因。AAO工艺控制参数如下：(1)水力停留时间与工艺段有关，厌氧段水力停留时间一般在1~2h 之间。缺氧段水力停留时间一般在1.5~2h 之间。好氧段水力停留时间一般在6h 以上。
AAO生物脱氮除磷的功能是去除有机物、脱氮、除磷三种功能的综合，因而其工艺参数应同时满足各种功能的要求，如能有效地脱氮除磷，一般也能同时高效地去除BOD5。但除磷和脱氮往往是相互矛盾的，具体表现在某些参数上，这些参数只能局限在某一狭窄范围内。这是AAO系统工艺控制较复杂的主要原因。AAO工艺控制参数如下：
(1)水力停留时间与工艺段有关，厌氧段水力停留时间一般在1~2h 之间。缺氧段水力停留时间一般在1.5~2h 之间。好氧段水力停留时间一般在6h 以上。
(2)AAO生物脱氮除磷是运行灵活的一种工艺，可以以脱氮为重点，也可以以除磷为重点，当然也可以二者兼顾。如果要求有一定的脱氮效果，又有一定的除磷效果，F/M(有机负荷)一般应控制在0.1~0.18kgBOD5/(kg MLVSS d), SRT (泥龄)一般应控制在8~15d。
(3)对于以生物脱氮为主运行时，BOD5/TKN至少应大于4，而以生物除磷为主运行时BOD5/TP应大于20 。如果不能满足该要求，则应向污水中投加有机物(碳源)。为了提高BOD5 /TKN 值，宜投加甲醇做补充碳源。为了提高BOD5/TP值，则宜投加乙酸等低脂肪酸。
(4)内回流比r一般在200%~500%之间，具体取决于进TKN浓度，以及所要求的脱氮效率。外回流比R一般在50%~100%范围内，在保证二沉池不发生反硝化及二次放磷的前提下，应使外回流比R降至最低，以免将太多的NO3--N带回厌氧池，干扰磷的释放降低除磷效果。
(5)厌氧段榕解氧应控制在0.2mg/L以下，缺氧段溶解氧应控制在0.5mg/L以下，而好氧段应控制在2~3mg/L之内。
(6)AAO生物脱氮除磷系统中，污泥混合液的pH应控制在7.0 之上，如果pH<6.5应外加碱，补充碱度不足。
