本院认为，根据本案一审判决和陕西航建公司、甘肃昊鑫公司上诉的事实与理由，本案的主要争议焦点为：一、本案一审认定工程款是否正确。二、本案一审判决陕西航建公司在一审判决生效后15日内移交案涉工程完整的工程竣工资料并协助竣工验收是否正确。三、陕西航建公司是否享有案涉工程价款优先受偿权。

关于一审认定工程款是否正确的问题。

关于鉴定报告是否应作为本案认定工程款依据的问题。陕西航建公司上诉主张本案不应参照《补充协议》确定案涉工程款，鉴定意见不应作为认定工程款的依据。

《招标投标法》第四十三条规定：“在确定中标人前，招标人不得与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判。”第五十五条规定：“依法必须进行招标的项目，招标人违反本法规定，与投标人就投标价格、投标方案等实质性内容进行谈判的，给予警告，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。前款所列行为影响中标结果的，中标无效。”

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。”

本案中，案涉工程属于依法必须进行招标的项目，陕西航建公司中标之前，双方就案涉工程实质性内容进行谈判并签订的案涉《建设工程施工合同》及《补充协议》，违反了法律法规的强制性规定，应为无效。双方当事人实际履行的是《补充协议》，故本案应当参照《补充协议》的约定认定工程价款。

一审中，陕西航建公司申请对其施工的“庆阳CBD商务中心二期工程”工程造价进行鉴定，甘肃立信造价公司接受一审法院委托鉴定案涉工程造价，依据各方当事人提交并经质证的案涉工程全部证据材料，对陕西航建公司施工的工程造价进行评估鉴定，并出具鉴定报告。该鉴定报告送达双方后，双方均对鉴定报告提出异议，甘肃立信造价公司对双方当事人提出的异议进行了书面答复。之后，一审法院组织庭审质证，通知鉴定人接受双方当事人的质询，甘肃立信造价公司于2017年12月4日针对双方质询提出的问题进行了书面答复。2018年6月19日，甘肃立信造价公司将鉴定意见进一步核实并做出调整，在原有甘立工鉴（2017）005号（修正）报告鉴定工程造价170142178.92元基础上追加费用231459.26元，合计：工程造价170373638.18元。一审认定该鉴定报告程序合法、内容客观、合法有效，应作为认定涉案工程造价的依据，该认定并无不当，本院予以维持。

关于甘肃昊鑫公司上诉主张其代陕西航建公司向第三方支付的工程款4049622元是否应从本案应付工程款中扣除的问题。本案经鉴定，陕西航建公司施工部分工程造价170373638.18元，双方认可已支付158335485元，甘肃昊鑫公司提交的证据不足以证明其主张的4049622元付款系代陕西航建公司支付。本院对甘肃昊鑫公司该项主张不予支持。关于甘肃昊鑫公司上诉主张其代陕西航建公司交纳的税款1716840元是否应予扣除的问题。二审查明，甘肃昊鑫公司与陕西航建公司之间存在代扣代缴税费的约定，甘肃昊鑫公司已实际代陕西航建公司交纳了案涉工程款5020万元的税款1716840元，该款项应当从甘肃昊鑫公司应支付的工程款中予以扣除。本院对甘肃昊鑫公司有关其代缴工程税款1716840元应当扣除的主张予以支持。综上，甘肃昊鑫公司应向陕西航建公司支付工程款数额为10321313.18元。

关于一审判决陕西航建公司在一审判决生效后15日内移交案涉工程完整的工程竣工资料并协助竣工验收是否正确的问题。本案中，双方对施工方交付完整的竣工验收资料及配合发包方办理竣工验收有明确的约定，移交案涉工程完整的工程竣工资料并协助竣工验收是施工方陕西航建公司必须履行的合同义务。一审认定陕西航建公司在判决生效后15日内移交案涉工程完整的工程竣工资料并协助竣工验收，该认定并无不当，本院予以维持。

关于陕西航建公司是否享有案涉工程价款优先权的问题。

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十八条规定：“利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：（一）建设工程已实际交付的，为交付之日；（二）建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；（三）建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。”《建设工程合同司法解释二》第二十二条规定：“承包人行使建设工程价款优先受偿权的期限为六个月，自发包人应当给付建设工程价款之日起算。”第二十六条第二款规定：“本解释施行后尚未审结的一审、二审案件，适用本解释。”

根据前述法律规定，建设工程未交付，工程价款未结算的，应付工程款的时间为当事人起诉之日，承包人行使建设工程价款优先受偿权的期限六个月自当事人起诉之日开始计算。

本案中，案涉工程未实际交付，工程价款未结算，应付款时间应为陕西航建公司起诉之日。陕西航建公司2015年11月12日提起本案诉讼，主张对案涉工程价款享有优先受偿权，并未超过法定期间。一审以双方合同约定的竣工之日2013年10月31日作为优先受偿权的起算时间，认定陕西航建公司已超过法律规定的承包人行使优先权的六个月法定期限，认定事实错误，适用法律错误，本院予以纠正。

另，关于本案一审案件受理费、鉴定费的负担问题。甘肃昊鑫公司上诉主张一审案件受理费、鉴定费未按胜败比例合理分配。国务院《诉讼费用交纳办法》第二十九条第二款规定：“部分胜诉、部分败诉的，人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。”本案中，陕西航建公司提起本案诉讼，甘肃昊鑫公司提出反诉，双方均部分胜诉、部分败诉。一审法院有权根据本案的实际情况对双方当事人各自负担的诉讼费用数额酌情进行分配，本院对甘肃昊鑫公司该项上诉请求不予支持。

综上所述，陕西航建公司、甘肃昊鑫公司的上诉请求均部分成立。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第三项规定，判决如下：

一、维持一审判决第二项；

二、撤销一审判决第一项、第三项、第四项；

三、甘肃昊鑫市场开发有限公司在本判决生效后十五日内向陕西航天建设集团有限公司支付工程款10321313.18元，并支付相应的利息（自2015年11月12日起至2019年8月19日，按照中国人民银行同期同类贷款利率计算；自2019年8月20日起至工程款付清之日，按照全国银行间同业拆借中心发布的一年期贷款市场报价利率计算）；

四、陕西航天建设集团有限公司在甘肃昊鑫市场开发有限公司欠付其工程款10321313.18元范围内对本案工程折价或拍卖的价款享有优先受偿权；

五、驳回陕西航天建设集团有限公司的其他诉讼请求；

六、驳回甘肃昊鑫市场开发有限公司的其他反诉请求。

如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

本诉二审案件受理费256672元，由陕西航天建设集团有限公司负担；反诉二审案件受理费39197元，由甘肃昊鑫市场开发有限公司负担。

本判决为终审判决。