医院系统的洁净室最先用于手术室，也就是我们现在所说的医院手术室净化工程。开始它只是在矫形手术中获得广泛应用，因为矫形手术时间较长,易于引起感染。控制水平较理想的是使用手术台附近的空气洁净度达到100级。一般建议使用顶部高效空气过滤系统，它能覆盖至少3m×3m的面积，从而将手术台和人包括在内。

医疗洁净室获得应用的其它领域有分娩室、保育室、烧伤室、心脏病人护理单元等。最新进展之一是牙外科手术洁净室的应用，它降低了在长期手术过程中医务人员被感染的危险。洁净室作为医院重要功能分区之一，其工程质量直接影响到医院的使用和对患者的治疗。要提高医院洁净室的工程质量，必须从设计、施工和维护三方面同时重视。

医院应用洁净环境最广泛的洁净手术室，是用空气洁净技术取代传统的紫外线等手段对全过程实行污染控制的现代手术室。在洁净手术室内，患者感染率可降低10倍以上，从而可以少用或不用会伤害患者免疫系统的抗生素。既要无尘又要无菌是洁净手术室的特点。医院洁净室包括手术室、产科、婴幼儿病房、ICU(重症监护室)、烧伤病房及解剖室、净化实验室、人工透析室、标本室等，其工程质量与医疗质量有着直接而重要的关系。