抗生素废水的处理方法可归纳为以下几种：物化处理方法、好氧生物处理方法、厌氧生物处理方法以及多种方法的组合处理等。
物化法主要包括沉淀、混凝、过滤等方式。由于抗生素生产废水成分复杂，有机物含量高，同时含有少量的残留抗生素，在采用生化处理时，残留抗生素对微生物的强烈抑制作用造成废水处理过程复杂、成本高和效果不稳定。
好氧生物处理主要有SBR、氧化沟、深井曝气及接触氧化法等。但是，由于抗生素废水属于高浓度有机废水，常规好氧工艺活性污泥法难以承受COD浓度10g/L以上的废水，需对元废水进行大量稀释，因此，清水、动力消耗很大，导致处理成本很高，应用厂家实际废水处理率也较低。
厌氧生物处理主要有厌氧消化池、厌氧滤池、上流式厌氧污泥床，厌氧膨胀颗粒污泥床、内循环等。与好氧处理相比，厌氧发在抗生素废水处理方面通常具有有机负荷高，污泥产率低，产生的生物污泥易于脱水，营养物需要量少，不需曝气，能耗低，可以产生沼气，回收能源，对水温的事宜范围广，活性厌氧污泥保存时间长等优点，得到越来越多越来越广发的应用。