1、渠系配套不完善、防渗衬砌率低
　　由于我国的幅员面积非常大，因此，很多的地方在开展农业的时候不可避免的要在一些丘陵地区或者是山区，这样在进行水利工程建设的时候也要在丘陵地区或者是山区进行修建。同时，很多的地区在经济发展方面是相对于比较落后的，因此，在水利工程项目建设中投入的资金也是比较少的，这样就使得很多的施工项目在施工过程中不但要面临着非常复杂的施工环境，同时在资金方面也相对比较少，在整个工程结束以后并没有建设相应的配套设施非常常见。在水利工程建设中，很多的渠道在内衬建设方面非常简单，很多是没有内衬建筑的，很多是用土体来作为内衬，这样在长期使用以后经常会出现渠道塌陷的情况，同时，也会导致渠道的水资源利用效率降低，导致整个项目的作用无法得到发挥。
　　2、灌溉力式落后
　　在很多的农业生产地区，在进行灌溉的时候还是在使用人工的方式来进行操作，这样对水源的分配和节水效果都不明显。在灌溉技术方面没有得到提高，也会导致水资源浪费。在很对的地区还在沿用大水漫灌的方式，这样在上游会有很多的水资源进入到土中，但是，在下游就会出现水资源匮乏的情况，这样非常不利于农业生产。
　　3、管护经费严重不足
　　近年来，为了更好的保证农业的发展，国家的相关部门对水利建筑项目的投资在不断增加，同时，也对水利工程的管理和养护提出了更高的要求。但是，在很多的地区，水利工程都是建设在比较偏远的地区，这样就给管制工作带来了很大的难度，这些地区生态环境也是相对较差的，因此，给管理工作带来了更大的难度。随着国家管制要求的不断提高，管理力度也在不断的提高，这样就使得管理控制的成本也在不断提高，在进行水利工程建设的时候资金投入相对较小，在管理控制方面的经费就非常有限，同时，很多的水利工程在建设线路方面非常长，要经过很多的偏远地区，这样在进行建设的过程中要根据施工的实际情况进行必要的调整，在成本方面也是在一直进行更改。很多的水利工程在使用以后也出现了维修费用不断增加的情况，对出现的问题要进行及时的解决，这样才能更好的保证水利工程的安全性。农业生产过程中，水资源的使用量非常大，但是，在灌溉收费方面却相对较低，在一些情况下是比成本还低的价格，这样能够更好的保证农民的利益，对水利工程的管理方却是非常不利的。因此，对导致管制成本低的情况要进行及时的解决。
　　4、农民本身对水利建设积极性不高
　　近年来，农副产品的价格相对较低，这样就使得很多的农民在种植方面的积极陛不高，导致了很多的青壮年都到外地去寻找工作计划，政府想要建设水利工程在人力征集方面就出现了很大的问题。在经济不断发展情况下，粮食的价格上涨，但是，很多的农村人员认为在家务农还是不如出去工作，这也是导致农民对水利工程建设积极性不高的主要原因。