影响水利工程施工质量的主要因素防洪工程“百年大计，质量第一”。由于防洪工程产品建设的复杂性和多功能性，影响其质量的因素也较多，主要有：人员、材料、机械、方法和环境，五大因素控制是保证工程质量的关键。
“方法”包括施工方案和施工工艺。一些工程常因施工方案考虑不周或施工工艺落后，而造成施工进度推迟，质量达不到要求和追加投资等情况。因此，在制定施工方案和施工工艺时，必须结合技术、组织、管理、经济等方面进行综合分析，以确定施工方案在技术上可行，经济上合理，有利于提高工程质量。“环境”环境因素对工程质量的影响，具有复杂多变的特点。因此应根据工程特点和具体条件，对影响质量的环境因素采取有益的措施严加控制。尤其是施工现场，应营造文明施工和文明生产的环境。更为重要的是搞好地方干群关系，遵守地方风俗。
加强领导，落实责任制领导的重视是搞好水利工程质量工作的重要前提。水行政主管部门高度重视水利工程质量管理工作，以对人民负责和对历史负责的责任心真正把工程质量工作落到实处。全面落实责任制，明确单位领导、项目负责人、工程技术人员和具体工作人员责任，层层落实责任制，并加强监督和检查。按照水利规范和技术要求，出现质量问题，不管当事人发生什么变化，都要追究责任，即工程质量终身制。彻底解决工程当事人不管工程质量如何，出现问题一走了之的弊端，使工程人员真正负起责来。严格执行水利建设程序严格执行《水利工程建设程序管理暂行规定》和有关文件，把好项目立项、报建、开工、竣工验收等重要关口，任何项目上一阶段工作未完成，不得批准进行下一阶段的工作。严格工程设计审批制度，未获批准的项目不准开工，坚决杜绝“三边”工程。严格按照单元、分部、单位工程进行质量评定，任何工程未经验收不得投入使用或进行下一阶段施工。工程验收时必须有质量监督机构的评价意见。
大力推行水利工程建设“三制”实践证明，水利工程建设推行项目法人责任制、招标承包制和建设监理制（即“三制”），是保证工程质量的根本措施。只有项目法人切实负起了工程建设的全部责任，才能按照市场经济规律组织工程建设，从工程建设的各个方面保证工程质量。在进行招标投标时，要严把资质审查关；不仅要看投标单位的资质，更要着重其实际业绩。特别要重视工程项目的资源配置是否到位。杜绝层层转包，主体工程不得分包，分包商必须要满足相应资质要求。要加大对监理单位监管力度，切实改变少数项目监理不到位的现象。制定监理细则，明确监理目标根据工程要求规定监理目标、进度计划、人员和料物计划，以及为实现这些目标所进行控制的依据、方法、制度及保证体系等。制定监理细则，对掌握各部位、各工序、各阶段工程质量标准、质量检查、质量评定和验收程序等都作详细规定，使施工企业和工地所有人员都知道在质量控制中做什么、怎么做以及怎样去评价做的效果，也便于相互工作协调和各工序的衔接。同时建立质量保证体系，包括质检机构、质检制度、质检人员的素质，并明确各级质检人员的权限和责任等。
强化质量控制措施质量控制实行事先、事中、事后“三控制”。事先控制是开工前对施工企业提交的技术方案、技术措施、质量保证体系以及管理制度等作严密审核，特别是对各企业投入工程的技术人员的数量和素质提出具体要求。事先控制是质量控制的主要部分，它能将工程事故的苗头消灭在萌芽状态，保证工程的高标准施工。事中控制就是工序控制。工序控制实行“二级三检报验制”，它是保证工程质量的有效手段。第一级是为保证监理目标的实现，指令施工企业建立班组初检、施工队复检、施工企业终检的质检机构与质检制度；第二级是施工企业在其内部检查合格的基础上，填报“报验申请单”，报工程指挥部复验，经复验合格后由监理工程师负责终验，保证做到上一工序不合格不得进入下一工序施工，对单元工程、监理工程师在评定表上签验收意见和评定质量等级，以确保每道工序都达到设计和规范要求。另外，质检人员全过程旁站监督，监理工程师随时巡视工地，主要部位、隐蔽工程、关键施工过程等实行监理工程师旁站监督。对工程质量问题，推行“三不放过”的原则，即事故原因不明不放过、处理措施不落实不放过、不接受经验教训不放过。施工单位及负责人要彻底查明原因，提出积极措施及妥善处理意见，并向项目监理部提出书面报告备案。事后控制是对已完成的单元工程、分部工程和单位工程的质量，继续进行观察、检测，收集运用过程中的情况，同时对资料进行收集整理归档，及时组织有关人员检查验收。