财政投入不足由于农村地方各级财政吃紧，严重制约着农村重点水利工程配套和小型水利工程补助。2005年，中央财政设立了小型农田水利工程建设补助专项资金，以“民办公助”方式支持各地开展小型农田水利建设，取得了一定成效。但我国很多农村地处欠发达地区，很难有较多资金用于农村水利重点工程的配套建设，致使部分工程无法按期启动，即便开工建设了也很难按计划竣工验收，加大了继续争取工程项目的难度。
基层水利技术人员综合素质参差不齐近年来，水利项目逐年增多，规模不断扩大，但是很多水管单位设置机构不科学，非工程管理岗位多，人力资源配置不尽合理，导致效率低下。各地水管单位真正急需的高、中、初级工程技术人员严重短缺，工程技术人员占职工总数的比例较低，技术力量薄弱，不利于水管单位的发展。
科学管理农村水利是随着农村社会经济的发展而发展的，要把小型水利工程管理作为一门科学来对待，注重向管理要效益，扭转重建轻管的局面。小型农田水利发展的趋势为：进一步完善建设和管理，同时把建后形成的小型农田水利资产及时移交给有关单位和个人，向其它部门颁发产权或使用权证书，采取专业管护、租赁、拍卖、个人承包等形式转变，明确管理、维护的责任和义务，结合当地社会情况和不同工程类型的运行管护模式，使新老水利工程都进入良性运行轨道。
加大资金投入在农村小型水利工程建设中，需大量的工程投资，应由中央明确各级地方政府在水利工程建设中的财政投入责任，以此来增加各级地方政府财政投入。对现有工程进行维修改造，同时增加新的水利基础设施建设项目，以适应当今水利发展要求。在努力增加地方财政投入的同时，地方政府应加强对农村小型水利工程的行政领导，积极组织群众参与水利工程建设，充分发挥政府资金的引导作用。为了杜绝挤占挪用农业专项资金的现象发生，项目实施单位要及时向主管领导和相关部门汇报情况，与财政部门积极协调衔接，争取地方配套资金。加大项目争取力度，加强国家投资项目管理，充分发挥财政资金的引导作用。一是加大地方财政投入力度；二是加大对重点工程、重点区域投入。为了加快小型农田水利建设步伐，必须集中资金投入，连片配套改造，以县为单位整体推进，开展小型农田水利重点县建设，实现小型农田水利建设由分散投入向集中投入转变、由单项突破向整体推进转变、由重建轻管向建管并重转变，彻底改变小型农田水利设施建设严重滞后的现状，提高农业抵御自然灾害的能力。