1、科学规划，优化工程设计
　　在工程规划中，要结合生态水利的理念，综合考虑地形地貌、工程地质、水文地质等条件及自然环境，合理选定工程建设方案，尽量减少工程建设对自然地面的破坏。
　　 2、重视水电开发的环境影响评价工作
　　对河流水电开发项目可能造成的环境影响要根据《环境影响评价法》的有关规定进行分析预测和评价论证，提出预防或减轻负面影响的有效措施。
　　3、制定有利于生态环境的水库运作方案
　　加强水库上游的水污染治理，对坝址上游地区的生活、工业、农业、牧业和渔业污染物进行截留和处置，削减携带至河流水体中的污染物浓度，避免其在库区积累、沉淀和浓缩，以减轻河流水质的破坏程度。制订有利于生态环境的洪水调度方案，综合管理洪泛区，有计划的泄水，达到防洪减灾、满足上下游人民生产及生活需要、减轻因维修水库而产生的负面影响的目的，用科学环保的流域综合开发理念来开发水资源，达到水资源开发的最大效益的目标。
　　 4、加强水库流域的综合管理政策、法律和制度体系的建设
　　水库流域环境整治规划和水库科学研究成果转化依赖于实施水库流域的综合管理，应建立行之有效的政策、法律和制度体系，从制度上保障水库环境的根本改善。水库管理部门应负责建立协调水库流域地方政府、企业、研究机构和公众参与的信息沟通渠道，及时发现水库环境隐患和环境污染的累计效应，采取必要措施，积极地改善水库环境。