1、小型农田水利设施所有权的确定
　　小型农田水利设施的归宿权在进行农田水利改革中必须加以明确，由于农田水利涉及的种类繁多，针对不同类型的项目应当运用与之相适应的管理制度。通常来说，对于农民自建的小型水利设施，依据自己建造、自己拥有、自己使用和自我管理的原则。而对于一些投资相对较多的引水、储水_T程的建造，政府应当给予一定的帮助扶持，在所有权属的认定上归为农民的私有财产，从法律上对其进行保护。同时，在农户自建水利资源储备过剩时，可以进行相应的转让，但是要坚持平等互利、协商合作与有偿使用的原则，这样使小型农田水利既能够得到良好的保管和维护，有能够充分发挥其效益。
　　而针对于经营性质的小型农田水利设施其建设与管理工作可以通过农户合作入股的形式来实施。在给农村种养殖基地、蔬果基地等提供水资源时，可以采用水利设施建设与运营管理相关人员合理分配股权，他们既是所有者又是劳动者，通过资金和劳动的贡献量来确定分红的比例。为了更好地实现小型农田水利设施建设的资金筹集，可以积极引导当地富裕农户和企业进行水利工程的投资，在工程投入使用后按照一定的比例对投资者进行合理的利润分配。同时要制定严格的建设管理措施，保证各项工作的顺利开展。政府相关职能部门应积极帮扶小型农田水利建设，给予一定的资金扶持，积极指导相关的经营管理工作，做好监督检查工作。
　 　2、规范小型农田水利设施管理
　　对于经营性的小型农田水利设施建设，在项目建成投入使用后会使较多的农户受益，特别是对于一些远距离输送水工程，可能要跨越不同的乡镇和村庄，由于各地的情况不一管理的难度增大，这就需要相关的管理部门根据水系与沟渠的分布特征，建立起合理的水利资源管理组织，对小型农田水利设施和资源进行专门管理，在具体实施时，可以打破行政区划的限制，由上级主管部门进行统一规划，建立适用小型农田水利建设及管理的管理组织，这种管理模式能够有效防止乡村以各种手段侵占小型农田水利建设及运营管理经费。要将水利设施的建设者、所用者以及收益者之间建立起密切的联系，使之成为一个密不可分的利益共同体，以相互合作的方式保证小型农田水利建设及管理的各个成员的利益得以实现，同时各方也要明确自身的责任与义务，严格执行各项规章制度。
　　对专门从事小型农田水利建设及管理工作的组织，要依法进行登记注册，取得相关证书后才能进行执业。在组织内部要建立起管理规章制度，积极进行专业人才的引进和选拔，落实各项建设管理任务，保证水利设施的正常使用。
　　 3、建立相应的监督机制
　　广大农民群众是农田水利建设的主体，在进行相关配套设施的建设时，必须充分考虑他们的需求和愿望，以便充分调动他们建造小型农田水利的积极性，这是发展农田水利的重要准则。在新的历史时期，小型农田水利建设及管理要真正服务于农民的生产生活，要与当前农村经济的发展相适应，实现有偿服务、政府补贴、费用低廉等的有效结合，积极推进小型农田水利建设及管理工作的健康发展，坚持以公益性为主导的工作方针。在相关管理制度的制定和落实上下功夫，建立项目的监督管理部门，落实监督管理工作，增强农户的用水安全教育对水库堤坝等要进行监控及时排除险隋，切实保证群众的生命财产安全。