由于考虑的不够周全当前在进行小型农田水利建设时容易造成建设的盲目性，有的小型农田水利设施建设在施T前没有进行系统的分析和详细的论证，随意进行施工建造，这样极容易造成投资浪费现象的发生。由于没有合理的规划布局，还会导致一些重复建设的发生，使资源没有得到合理的利用。由于缺乏专业的论证分析，专业技术人员的缺少使建造施工缺乏计划性，导致在施工过程中出现一些问题，对工期进度造成不利影响，甚至有很多水利设施建设最后成了烂尾工程，花费大量的资金却不能正常地投入使用。
　　在小型农田水利设施建设中资金的缺乏也是制约其发展的重要因素。由于社会对这一项目的关注程度较低，使得相关的项目投融资机制不够成熟。由于水利工程建设存在建造周期长、资金量大和投资回收较慢，并且存在洪涝灾害等诸多投资风险，也导致了银行等金融机构不愿意进行这类项目的投资。同时在促进小型农田水利设施建设方面相关的政策措施还不够完善，在进行农田水利设施建设时不能得到政府补贴，也没有相关的投资失败补偿机制，使得银行和金融机构没有投资热晴。
　　由于现阶段小型农田水利设施建设很多都是公益性质的，而与之相关的金融服务产品也没有太多的创新性。与农业相配套的金融服务产品比较单一，担保机制也不够完善，而对于小型农田水利设施建设的资金不可能完全依托政府的财政扶持，应当建立和完善信贷与经营等相关的风险保障制度，为小型农田水利设施的建设提供充足的资金支持，拓展资金渠道保证水利设施建设的顺利实施。