目前因为该办公楼很小，所以我通过手算已经把施工图做出去了。但如果使用软件计算的话，该如何建模计算？

没看你的图，用PKPM就能算，把建筑的局部错层考虑进去，按基础底的那部分建模，然后手工定义基础比较高的柱子的计算长度，如果建筑的一侧有主动土压力的话应该把土压力折一个集中力输进去，其他该注意的部分就是构造上的了，比如基础滑移之类的。