我们应充分考虑到南水北调工程对水环境包括河道、湿地、地表水质、地下水的影响，还有对水污染的影响，以及对土壤盐渍化的可能影响，对地面沉降，对水生生物的影响。
总之，南水北调工程总体上将缓解受水区水资源缺乏的现状，并在一定程度上改善该区域的生态环境。但是如果不能科学、合理的利用北调水，将会有违调水的初衷，在继续深入研究该影响的同时，应在调水前尽快建立关于地下水和水质等水环境重要因子的监测网络，并根据相关标准建立量化的生态环境底值，以便于和检测数据比较并进行动态分析。以此达到北调水改善生态环境，实现该区域可持续发展的目的。