我没实际做过，暂且把自己看到的书面东西般上来，权做抛砖引玉吧：
桩距不大于6d时，可按实体深基础法计算。
将群桩与桩间土视为一个整体，桩端处为实体深基础的埋深，其支撑面积可按地基规范GB50007-2002附录R图R.0.3方法确定。图中φ角为桩长范围内各土层的平均内摩擦角。
与浅基础类似，土中应力仍采用各向同性均质直线变形体理论计算，按单向压缩分层总和法计算桩基最终沉降量。
此时的计算公式可采用同一般基础沉降的计算公式，见地基规范GB50007-2002 公式5.3.5。
至于规范附录公式R.0.1的公式，因为我没实际算过，不清楚它和5.3.5的本质区别，见谅！

我算了一下，但是桩端底面的附加应力已经为负值，这是不是就说明桩不会沉降啊？请指点。

桩端平面以下的附加应力不可能为负值。楼主可能是算错了。
按mindlin解答，桩长范围内的土中附加应力有可能为负值。但我们计算的是桩端平面的附加应力，肯定不是负值。