我想用软件计算门式刚架时柱的高度＝檐口高度+室内外高差-檩条高度吗？
还是不用考虑檩条高度直接＝檐口高度+室内外高差?
个人认为柱子的计算高度檐口高度+室内外高差就可以了，因为规范上也是这样解释的，檩条的高度即使你考虑了对结果的影响几乎是没有的。但是你应该注意的是这个高度应该加上你的梁高。建模型的时候你会发现，梁的顶标高和柱子顶是平的，如果计算时没有考虑到这个柱子的计算高度就会减少的。
您的第2个问题，这个何在是在设计墙梁时考虑的。
计算基础时也应该用到，但是这部分何在在计算时应该手工加上去。

对于墙梁来说,墙面板的重量一般认为是自承重,即考虑墙板搁在地上或腰墙上,这样计算墙梁一般会比同跨度的檩条要小,如果考虑墙板荷载,则计算可能要比檩条要大,墙梁可认为除了自重外没有其它竖向荷载,主要是承受墙面风荷载,
但是有一种情况需要特别处理,那就是墙梁悬空时,需要考虑墙板自重,
对于主刚架来说,柱上荷载对结构的影响是很小的,就好象在柱顶增加一个不大的集中荷载一样,对结构影响不大.
以上纯粹个人观点,如有不对指出,敬请不吝指教

平面内计算高度程序根据你的模型自动生成,平面外根据支撑及隅撑自己填.