这样的基础严重不符合验收规范，为什么要接着干？而不提出来呢？
后浇层很重要，是钢结构和基础的传递层，不浇可不行，建议将基础面剔除50mm，再安装钢柱。

这样作虽然不可以，但是要是在施工中遇到这样的情况，也是没有办法的事，只有拿出好的解决办法，我认为可以这样，只要基础作好了，基础有二种，一种就是楼主说的这种二次浇灌，
一种是，直接坐在基础上的，我认为楼主的作法可以

这样做不符合规范要求，但是实际中是不是可行，首先要分析一下设置二次浇注层的作用，因为我国的规范规定锚栓不能受剪（有些国家的规范允许），为了保证柱脚板与基础顶面有足够的摩擦力，采用微膨胀砼二次浇注，使基础与柱脚紧密接触。有时即使这样也不能保证足够的摩擦力，要在柱脚设置抗剪键。
针对你的情况，我觉得如果柱脚设置有抗剪键，安装后用砼把缝隙填充一下，这样做应该是可以的；如果没有设置抗剪键，这样做会影响柱脚剪力向基础传递，很可能造成锚栓受剪，就不行了。

如果如楼上所说的话，我们这的二次浇注根本就不起作用啊！

二次浇注主要是为了紧密接触基础与柱脚的.
但是其作用不仅仅在于提高柱脚的摩擦力.
如果是柱脚刚接的话,它还有平稳的传递轴力的作用,要是没有这二次浇注层,那么基础顶面部分混凝土有可能破坏.
当然如果楼主的柱子是绞接的话,又有抗剪健还是可行的.
如果不满足上条就只好凿除部分基础顶混凝土做二次浇注了
个人观点,请指正.

我觉的最好还是把混凝土基础包柱脚，把柱脚埋在基础里，这样比较可靠。

楼主的处理不合理。
首先，行车柱脚应按刚结设计，二浇层是为了保证柱脚刚结传力的重要措施；其次，一般来说，有行车时，柱脚的剪力较大，应设抗剪键，其同混凝土的传力，也要靠二浇层来保证。楼主的处理在以上两个方面都没有考虑到，不符合设计的力学模型，因此不合理。
较好的方法应采用锚入式柱脚处理，可以满足力学模型的假定。

楼主所提到的行车吨位不大(才十吨),如果跨度小于22米的话,还可以用单梁吊车,这种吊车荷载都不大,如果用锚入式柱脚的话,那代价也显得有点大了,这个工程一般用平板柱脚就可以了,但因为出现了问题"两个柱基础不平",采用楼主所说的方法也是不得已而为之.依我看问题是不大的,
以上纯属个人观点,如有不同意见敬请不吝指教.

规范上不允许，实际上是可以的，工程施工中有好多实际的情况，搞施工的人应该采取点措施。