近年来，用二氧化氯代替液氯和次氯酸盐作为水消毒已越来越引起人们的注意。二氧化氯比氯气和次氯酸盐有更强的灭菌能力，并且在消毒过程中不产生卤代烷等致癌的副产物。问题是二氧化氯性质比较活泼，易爆炸，且其本身也有毒性，因此难以运输、储存，必须现场配制，现配现用。但是要制造高纯度的二氧化氯工艺复杂且成本特别高。

为了降低运行成本，通常用二氧化氯发生器制造二氧化氯的，材料大都采用氯酸钠和无机酸，如果所用的酸是盐酸或硫酸，二氧化氯生成量不会超过50%。换句话说，现在使用的二氧化氯发生器所产生的二氧化氯消毒液基本上是二氧化氯、亚氯酸盐和氯气等的混合物。不少是打着二氧化氯的消毒招牌，实际上是二氧化氯、次氯酸盐和氯气在水体中的综合协同作用。显然，这样的消毒无法克服用液氯消毒潜在的缺点， 特别是用饱和食盐水电解生产的二氧化氯消毒液更是如此。另外，二氧化氯发生器要求有高安全技术保护措施，稍不谨慎就会酿成事故。比如，在北京大学游泳馆、北京的天坛医院、二龙路医院等单位使用二氧化氯用作水体消毒，都因相继发生过安全事故而被迫停用。鉴于二氧化氯发生器安全性问题，现在市面上有稳定的二氧化氯液体和固体制剂。但这两种制剂使用麻烦，因为它们都需经酸活化后才能起消毒作用，并且在活化过程中（与二氧化氯发生器相似）同样不会产生纯的二氧化氯，而是二氧化氯、次氯酸盐和氯气的混合物，因此同样无法避开液氯和次氯酸盐带来的问题。

姑且不论能否制造纯的二氧化氯，即使用高纯度的二氧化氯进行水消毒，也不是对水环境没有副作用的。调查表明：二氧化氯进入水中后，有50%～70%会转变为亚氯酸根和氯酸根离子，而这两种离子具有毒性和致癌性。另外，在二氧化氯消毒过程中，一些传染性寄生虫如贾第虫(Giardia)和隐孢子虫(Cryptosporidium)不易被灭活，需要很高的CT值（浓度X 时间）才能灭活它们。

一句话，用目前市面上所谓二氧化氯发生器和二氧化氯产品进行水消毒没有想象和厂家介绍的那么理想。