按照面积比例大的屋面高度计算，我的做法。

我们的建筑总管说按面积占比例大的屋面高度算

应该不能算！应该按照《建筑物防火设计规范》或者《高层建筑防火设计规范》里面关于建筑物的高度的定义来考虑。但突出屋面的各类建筑设施比如你所说的情况应考虑设避雷带把它保护起来。因为这些部位因突出屋面很容易遭受雷击。
又《建筑物防雷设计规范》附录一文：
(3)当建筑物各部位的高不同时，应沿建筑物周边逐点算出最大扩大宽度，其等效面积应按每点最大扩大宽度外端的连接线所包围的面积计算。