东线工程规划区域由3个规划区、8个控制区、53个控制单元组成，以控制单元作为规划污染治理方案、进行水质输入响应分析的基础单元。

按南水北调输水线路、用水区域和相关水域的保护要求，东线工程划分为输水干线规划区、山东天津用水规划区含江苏泰州、河南安徽规划区。输水干线规划区为输水主干渠所在区域，由6个控制区组成，包括47个控制单元；山东天津用水规划区为南水北调东线工程末端接用水区和西水东调起始区接用水区，由3个控制区组成，包括3个控制单元；河南安徽规划区为漳卫新河和洪泽湖水质的污染控制区，由2个控制区组成，包括3个控制单元。

按国家地表水环境质量标准Ⅲ类标准31项指标进行单因子评价，与输水期对应的枯水期现状水质，共有氨氮、高锰酸盐指数、石油类、亚硝酸盐氮、生化需氧量、挥发酚、溶解氧7项指标存在超Ⅲ类标准的断面。重点区域水质评价结果如下：

1、山东南四湖18条入湖河流中，17条水质劣于Ⅴ类，高锰酸盐指数最高的达到182．8mg／l，超过国家水环境质量标准要求的30倍，年受纳COD量12.2万吨。

2、河南卫河水质劣于Ⅴ类，年受纳COD量13.6万吨，是海河流域水污染最严重的地区，也是省际水污染纠纷的高发地区。

3、徐州的不牢河、房亭河、沛沿河2000年水质均劣于Ⅴ类，年受纳COD量6.2万吨。

4、海河流域河北、山东、天津部分，除汛期外，河道长年缺乏稀释径流，水质劣于Ⅴ类。

南水北调东线主体工程分两期，一期送水至山东，二期扩大规模，送水至河北、天津。按照主体工程分期，“十五”期间首先需要解决南四湖的治污问题和江苏的治污问题，在“十五”之后，着手解决海河流域的治污问题。


所以要通水，必须治污，否则即使引来水，也没法用。