按问题顺序答复：
1、吸水井和集水井为同一构筑物，吸水井提法较规范。
2、水厂高程设计应满足各建（构）筑物的功能和流程要求，配水井在前，絮凝沉淀池在后，平面布置有一定距离，水力计算应考虑总水头损失，所以配水井的水位高于絮凝沉淀池水位是理所当然的。
3、根据《室外给水设计规范》（GB50013-2006）第8.0.6条规定(为强制性条文)：水厂的防洪标准不应低于城市防洪标准，并应留有适当的安全裕度。