活性炭的吸附原理是：

     在其颗粒表面形成一层平衡的表面浓度，再把有机物质杂质吸附到活性炭颗粒内，使用初期的吸附效果很高。但时间一长，活性炭的吸附能力会不同程度地减弱，吸附效果也随之下降。如果水族箱中水质混浊，水中有机物含量高，活性炭很快就会丧失过滤功能。所以，活性炭应定期清洗或更换。

      活性炭颗粒的大小对吸附能力也有影响。

     一般来说，活性炭颗粒越小，过滤面积就越大。所以，粉末状的活性炭总面积最大，吸附效果最佳，但粉末状的活性炭很容易随水流入水族箱中，难以控制，很少采用。颗粒状的活性炭因颗粒成形不易流动，水中有机物等杂质在活性炭过滤层中也不易阻塞，其吸附能力强，携带更换方便。

     活性炭的吸附能力和与水接触的时间成正比，接触时间越长，过滤后的水质越佳。

      注意：过滤的水应缓慢地流出过滤层。新的活性炭在第一次使用前应洗涤洁净，否则有墨黑色水流出。

  活性炭在装入过滤器前，应在底部和顶部加铺２～３厘米厚的海绵，作用是阻止藻类等大颗粒杂质渗透进去，活性炭使用２～３个月后，如果过滤效果下降就应调换新的活性炭，海绵层也要定期更换活性碳的效率需视很多的因素而定，水族箱的设缸时间越短，活性炭更换次数就需越频繁（约一个月一次），设缸时间越久的水族箱，活性炭在水族箱中的有效时间就越久（约四个月以上）。
     活性炭最好是放在网袋中然后再将它系紧固定。装满活性炭的袋子可以放在外部的过滤器中，或放在滴流式过滤器的水槽中。必要时，可以强迫全部的水流通过活性炭，但在某种情况下这会增加过滤器运转的阻力并减低其效用。然而因为活性炭的作用非常的慢，所以建议采用部分的水流通过活性炭过滤器即可，这样不会影响到过滤器的抵抗性。      这个方法的好处在于好氧性与厌氧性细菌可以同时生长在过滤器中，好氧性细菌可行氧化分解作用，而厌氧性细菌会在活性炭的无氧地带，将硝酸盐分解成氮气。因此活性炭过滤材料会随着时间，由化学的过滤性质转变为生物的过滤性质。