工程签证部分的审计是工程结算造价确定的重要环节，其审计质量直接影响到建设投资的价值效果。审计实施过程相对复杂，在实际操作中会遇到各种情况；为确保高质量地完成结算审计工作，确保项目建设投资目标的顺利实现，对工程签证的审计应侧重“量、价、费”的审核。
工程量的审核是工程签证单审计的重点。通常施工单位提交的工程结算书在签证单部分都存在“虚增工程量，重复计量”的问题。工程结算的签证单工程量审核应做到“逐项计量、逐笔核实”。尤其是涉及现场勘察比较困难的隐蔽工程或图纸不规范不齐全的装饰工程项目，更应该引起重视。比如施工过程中，由于人为因素干扰，导致土方部分出现随意签证现象，造成土方数量、塌方数量虚高。在结算审核工作过程中可充分利用工程施工期间相关资料（施工日志、隐蔽工程验收记录、工程施工期间的现场照片、现场随机抽芯取样等），还原事实真相，对土方工程进行核实。
工程结算价款的计算涉及价的因素有两个主要方面，一是定额子目的套取，一是材料价格的确认；在工程签证单中，往往存在材料价格签证不合理的现象。材料价格签证的确认是比较难的。客观上，各地区价格信息对通用的常规材料有明确指导价，而对某些装饰材料及安装工程的主材定价没有明确规定。这是因为装饰材料及安装工程主材由于其品种、质量、产地的不同，导致了价格的千差万别。例如审计发现某办公楼装修改造工程，签证单注明的一层大厅入口处大理石及一层门槛石的价格明显高于当地公布的材料信息价，签证时施工单位并没有向建设单位提供清晰、具体的大理石及门槛石材料的详细资料，导致建设单位仅凭现场目测同意了施工单位虚高的签证价格。结算审核时，就需要详细核查该项目所用石材的品质、规格、产地等基本信息，组织项目参建的甲乙双方人员，去到建材市场，寻求最接近实际情况的价格，以有力的事实证据取得双方的一致认可，最终核实材料单价。
工程结算签证部分的审核工作，应重点核实施工单位编制工程签证部分的工程造价时所采取的取费方式及取费费率是否符合工程造价管理部门颁发的费用定额标准以及工程费用调整的相关文件规定，应特别注意结合工程施工合同、工程招标投标资料等来确定费率。审核时应核实取费文件的时效性、执行的取费类别、费率标准是否正确、人工费及材料价差调整是否符合文件规定等。例如针对费率调整的问题，应核实是以人工费为计费基数还是以人工费与机械费之和作为计费基数；对于费率下浮或总价让利的工程合同，在竣工结算时要核实新增项目的工程造价是否按原合同比例等比例下浮。
