防洪是三峡工程的首要功能。按设计标准，三峡水库总库容为393亿立方米，其中防洪库容221.5亿立方米，相当于4个荆江分洪区的蓄洪量。

三峡水库是一座典型的季调节水库，在每年汛期到来之前，三峡水库会逐渐释放并腾出库容，并在6月10号前消落至145米左右的防洪限制水位。

“万里长江，险在荆江”，长江中下游荆江河段的安全泄洪量是56700立方米/秒，枝城作为荆江河段的起点，它的洪水流量是三峡防洪调度方案制定的重要依据。

当三峡水库上游来水流量不超过30000立方米/秒时，库区水位在规定的汛期水位变动范围内，原则上由三峡集团负责调度。当上游来水流量超过3万立方米/秒，但枝城流量小于56700立方米/秒时，一般由长江水利委员会负责调度。一旦枝城流量超过安全泄洪流量，必须由长江水利委员会提出调度方案，报水利部批准。

汛期之后，三峡水库会利用天然来水进行“蓄丰补枯”的调度。一般在每年9月中旬开始蓄水，通常到十月下旬就能达到工程设计的175米正常蓄水位。

三峡水库蓄水以来，长江三峡大坝至重庆川江航道的通航条件得到极大改善，万吨级船队和5000吨级的单船可以轻松往来行驶。在每年的枯水期，经三峡水库调节，宜昌市以下流量增加1000~2000立方米/秒，平均增加干流水深0.8米，不仅让中下游航道条件得到显著改善，还有效缓解了中下游工农业生产和沿江城镇用水紧张的局面，对抑制长江入海口的咸潮入侵也发挥了重要作用。

根据上游来水情况的变化，三峡电站每天的发电量也有不同。在汛期，6月至9月来水量较大，34台机组全部满负荷运行，每天发电量可达5亿多千瓦时，在非汛期10月至次年5月来水量较小，水库按照发电、航运以及下游用水的需要进行优化调度，每天机组运行台数最少为7台，平均每天发电量约为1亿千瓦时。

无论是蓄水还是补水，三峡水库调度都必须首先确保三峡水库和中下游的防洪安全，同时兼顾发电、航运以及生产、生活和生态等诸多兴利需要。