超滤膜过滤设备可以截留乳清废水中的大分子物质，如大豆乳清蛋白及非蛋白聚合物。反渗透过滤设备可以截留大豆低聚糖和绝大部分盐类。采用超滤手段预先将乳清中的蛋白除去，再用反渗透技术提取低聚糖，这种工艺会使膜的污染机会加大，造成膜通量降低，其操作性较差。

　　从大豆蛋白废水中提取低聚糖首先要将大分子的乳清蛋白截留出来，由于乳清蛋白的存在既会影响低聚糖的纯度，也会使反渗透膜的流量降低。为此，才采用了热处理的工艺，将绝大部分乳清蛋白经热凝聚分离出来，蛋白遇热发生变性并形成大块的凝胶体，蛋白充分变性沉析于下部，下部蛋白浆干燥可得乳清蛋白。上层清液中的蛋白采用超滤膜过滤设备的方式分离。

　　经热处理分离的乳清废水，还含有少量低分子量蛋白，采用超滤膜过滤设备将其分离出来。实验分别选择了2000和5000分子量的超滤膜分离对乳清废水中的蛋白作截留实验，结果显示膜分子量在2000、5000时截留率分别为85%及50%。实验选择了2000分子量的超滤膜，它可以截留80%以上的乳清蛋白，达到了截留目的。当截留液浓度达到8%～10%时，可以进行干燥处理。

　　在大豆乳清废水处理过程中，超滤膜过滤设备分离和反渗透膜经连续运转，物料不断被浓缩，浓差极化现象越来越严重，流速明显降低，因此在工作一定时间后，需进行膜清洗，使过滤速度恢复至初始状态。超滤膜过滤设备表面吸附的主要是蛋白凝块，清洗剂主要以碱液为主，当大量蛋白凝块被清除以后，使用碱性次氯酸钠氧化消毒液，除去微生物及微量蛋白质，必要时再用酸除去膜表面沉积的无机离子。