一、结构型式的选择
　　干流大堤上的涵洞，其防洪标准与大堤的防洪标准相同。为了不使涵洞成为防洪的薄弱环节，涵洞结构型式的选择很重要。
　　以往的经验教训表明，浆砌块石涵洞很容易沿洞身形成渗水通道，成为大堤的薄弱环节；钢筋砼箱形涵洞受力明确，抵抗变形的能力强，安全储备高，质量易于控制，克服了浆砌块石涵洞缺点和不足，因此，在设计中基本上摒弃浆砌块石涵洞，而用钢筋砼箱形涵洞。
　 　二、涵洞长度的确定
　　大堤的断面一定，涵洞短，本身的工程量小，上、下游翼墙高，工程量大；涵洞长，本身的工程量大，上、下游翼墙高度减小，工程量小。涵洞长短的确定对工程造价影响较大，需要经过经济比较确定。一般说来，小断面涵洞，洞身长度宜取大值，大断面涵洞，洞身长度宜取小值。
　 　三、闸首的设计
　　涵洞的作用是防洪、排涝、蓄水、引水，其中防洪是第一位的。涵洞建在大沟穿堤处，闸首应设在外河侧，这样对防洪有利且胸墙、止水易处理。两侧均应设检修门槽，检修桥顶高程应当高于洪水位，以便检修。
　 　四、闸门与启闭机
　　闸门结构的选型、布置应根据其受力情况、控制运用要求、制作、安装、维修方便等，结合闸室结构布置合理选定。涵洞设计中多采用钢筋砼平板闸门。闸门止水一般采用双止水，一侧防止洪水倒灌，另一侧作用为蓄水灌溉。
　　涵洞闸门启门力不大，多采用螺杆式启闭机。
　 　五、门槽深度确定
　　门槽深度决定了箱型涵洞墩墙的厚度，对建筑物造价影响较大，在可能的情况下应尽量减小门槽深度。对于单孔涵洞，可通过加大闸首部位墩墙厚度来解决。对于两孔及两孔以上涵洞，中间的墩墙基本只受轴力，其厚度主要受门槽尺寸的影响，我们在设计中主要采用两种方法来减小墩墙厚度。
　　〈一〉闸门处墩墙渐变式
　　门槽处墩墙按门槽要求确定墩墙厚度，洞身按构造要求选定墩墙厚度。门槽处墩墙与洞身墩墙之间做个渐变段连接。该方法节省投资，但施工麻烦，多孔涵洞比较适用。如我市于庄涵就采用了这种方法设计。
　　〈二〉错门槽式
　　将多孔涵洞的门槽前后错开，中间墩墙只需按单孔门槽深度的构造要求确定，从而有效减小了墩墙的厚度。如我市曹塘涵就采用了这种错门槽的方法设计，中墩由原来700mm减少至400mm，节省了投资。
　　水闸的过闸水位差应根据上游淹没影响，允许的过闸单宽流量和水闸工程造价等因素综合比较选定。《水闸设计规范》（SL265-2001）规定，一般情况下，平原区涵闸的过闸水位落差可采用0.1～0.3M.在淮北平原地区河道，通常采用的水位落差为：水闸0.1M，涵洞0.15M.笔者认为穿堤涵洞水位落差应取大值。
　　穿堤涵洞的主要作用是防洪，排涝流量小，控制面积不大。根据我市的种植结构，农作物多以旱作物为主，3天降水，1～2天排干，对农作物影响不大。我市清水沟涵、界牌涵两座涵洞设计落差采用0.15m，这两个工程预算投资均为70多万元，如果设计落差选用0.3m，则预算投资大大降低，可相差几倍。这就意味着，投资一个设计落差为0.15m的涵洞可以兴建几个设计落差为0.30m的涵洞。
　　我市水利投资缺口较大，现面上已挖成大沟四百余条，需做沟口配套涵洞较多。采用大落差设计，既能满足排涝要求，又节省工程投资，减轻群众负担，是完全可行的。在总投资一定的情况下，让一个地方受益，不如让多个地方同时受益更好。
　 　七、应注意的问题
　　1、前期勘探工作一定要做细，提供资料要准确。如我市某涵洞因为勘探资料不准，基槽出现淤泥，地基处理费就用了近十万元。
　　2、规划一定要切合实际。我市某涵洞就因规划数据不准，致使涵洞坐落于沟底。
　　3、设计一定要准确，方便施工，小的失误都有可能造成重大事故或给施工单位带来很多麻烦。例如，防洪涵洞的胸墙应放在上游，我市某涵洞设计时将胸墙放在下游，结果造成开启不灵，橡皮挤压摩擦受损。
　　4、施工单位要严格把关，坚决杜绝偷工减料现象。现在有些施工单位为了赚钱，不顾工程质量，偷工减料，一旦遇到大水，工程将可能出现毁坏、倒塌等严重后果。我市1997年汛期，墉桥区芦岭镇沱河涵洞就因工程质量问题而发生涵洞倒塌、人员死亡的惨剧。
　　5、加强监理与政府监督力度。
　　质检人员是保证施工质量的关键。从开工到竣工，工地一天都不能离开质检人员的监督检查，否则，施工中存在的问题就会隐瞒，特别是隐蔽工程不作记录，不进行认真检查，竣工验收时也无法知道，将来给该工程带来的后果就不堪设想。