1、过滤系统要定期灭菌。
超滤膜可以截留细菌，但不可以杀死细菌，截留率再好的超滤膜也不能长期保证干净区不长一个细菌，有细菌就可能大量繁殖。直接影响到透过水质，譬如有的矿泉水成品中出现半透明丝状白色絮状的霉菌团，主要是系统被霉菌污染所致。因此，必须定期对周转环境及过滤系统进行定期灭菌，灭菌的操作周期因供给原水的水质情况而定，对于城市普通自来水而言，夏季7～10天，冬季30～40天，春秋季20～30天。地表水作为供给水源时，灭菌周期更短。灭菌药品可用500～1000mg/L次氯酸钠溶液或1%过氧化氢水溶液循环流或浸泡约半小时即可。
2、过滤系统所用组件数量是根据设计总透水量而定的。而每根组件所标称的每小时产水量是指纯水透水速率，是指采用纯水作测试介质，纯水对超滤膜不存在溶质引起的堵塞问题。测试温度25℃，测试压力为0.1MPa。
由多个组件构成的超滤系统实际透水速率为标称的90%左右，但由于装置的透水速率随运转时间而逐渐下降，但经清洗后基本上可以回复到一个相对稳定值，一般情况下，稳定值只是初透水速率的60%左右，此外，超滤组件的透水量还受到温度、压力、料液浓度、给水浊度的影响，因此设计时必须考虑以上因素。
3、由于每根超滤组件在出厂前加入保护液，使用前要彻底冲洗组件中的保护液，先用低压（0.1MPa）给水冲洗1小时，然后再用高压（0.2MPa）给水冲洗1小时，无论低压还是高压冲洗时，系统的产水排放阀均应全部打开。在使用产水时，应检查并确认产品水中不含有任何杀菌剂。
4、超滤组件要轻拿轻放，并注意保护，由于超滤组件是精密器材，所以在使用安装时要小心，要轻拿轻放，更不能甩坏。组件若停用，要先用清水冲洗干净后，加0.5%甲醛水溶液进行消毒灭菌，并密封好。如冬天组件还要进行防冻处理，否则组件可能报废。
5、使用中空纤维超滤膜前必须认真阅读使用说明，按照超滤膜在水处理应用工艺进行操作。