我国湖泊普遍遭到污染,尤其是重金属污染和富营养化问题十分突出。多数湖泊的水体以富营养化为特征,主要污染指标为总磷、总氮、化学需氧量和高锰酸盐指数。在几大湖泊中,75%以上的湖泊富营养化,尤以太湖、巢湖和滇池污染最为严重。太湖在20世纪80年代初期水质尚好,80年代后期开始出现轻污染,特别是1987年以后,污染趋势更为严重,水体中有机污染指标和水体富营养化指标升高。到了90年代中期,以Ⅲ类水质为主,并开始出现了Ⅴ类水质,意味着太湖已被严重污染。巢湖流域目前仍处于富营养状态,11个水质监测点中,7个属Ⅴ类和劣Ⅴ水质。滇池在20世纪70年代水质良好,生物多样性丰富。到了90年代,出现严重的富营养化,水质超出Ⅴ类标准,特别是氮、磷浓度很高,曾分别达到7.5、9.19 mg/L。由于昆明市及滇池周围地区大量工业污水和生活污水的排入,致使滇池重金属污染和富营养化十分严重,作为饮用水源已有多项指标不合格,藻类丛生,夏秋季84%的水面被藻类覆盖。沿湖不少农村的井水也不能饮用,造成30多万农民饮水困难。由于饮用污染的水,中毒事件时有发生;滇池特产银鱼大幅度减产,鱼群种类减少,名贵鱼种基本绝迹。