1、改造建设中管理运行问题
　　近年来，农田水利的建设过程中常常会出现重视建设而忽视管理的现象，极度缺乏管理，进而导致很多的农田水利设施存在带病运行的现象，尤其是用户较多，而且生产能力很差的水利工程无法从根本上落实，给国家带来了极大的浪费。管理及运行主要存在两方面的问题，一方面农民对于农田水利的建设的积极性较低，农民没有管理运行的意识，并且基层的干部在思维方式和工作方法上缺少经验，与此同时农民进行民主管理的意识欠缺，进而使得管理的效率极低，带来的成果也很不显著；另一方面，由于建设管理的职能划分模糊，农田水利部门负责小型农田水利的建设，而且实际上较大的农田水利设施建设主要受到国土、发改委、水利或是财政部门的管理，根本没有形成统一的界定，进而增大了管理的难度。
　　2、水利设施资产界定以及评估问题
　　小型农田水利建设项目的固定资产具备特殊性，其服务的主体是农民和农业，所以对于资产的划分必须具备明确的原则和标准。现阶段，小型的农田水利设施大多数是掌握在集体和国家的手中，因此对于小型农田水利的评估，怎样进行评估、依据什么样的标准来评估，这些因素将直接影响到农田水利的价格。所以对于小型农田水利的建设要依据正确的方法进行评估，只有这样才能有效的避免流失国有资产。另外，还需要成立专门的资产评议小组，主要负责审定资产，进而为小型农田水利的租赁承包或是拍卖来提供依据。
　 　3、农田水价的制定以及管理的问题
　　小型农田水利的进行改造建设之后，农民农田用水的价格也就不能再按照先前的标准进行收费了，不应该计入税金和利润，只进行费用和成本的核算，还要考虑到经营者的可持续发展，所以需要重新给水价定位，又由于没有统一的标准进行定位这些问题，导致农民参与到农田水利建设中来的积极性不高，另外还有农民反映到水价的定位不合理，就使小型农田水利的改造建设带来的困难。所以，对于各个部门的水价进行明确的管理界定，要排除水费定位中存在不合理的部分，进而给水价的调整预留出足够的空间。
　 　4、资金使用方法和项目管理存在的问题
　　农田水利建设的改造进程中经常会有一些资金被挪用的现象，进而使资金不能够被充分的利用。所以，在农田水利建设的改造中，必须正确的引导、规范管理，才能节省投资、提高效率、确保质量进而才能顺利的推动小型农田水利的建设，另外还要制定出关于农田水利建设的资金项目的使用标准办法，更要规范项目的立项、申报、实施以及验收等阶段，要具体且明确程序操作的安排。
　　 5、坚持民主决策群众自愿的原则
　　小型的农田水利建设在产权制度上的改革建设存在许多特点，如涉及面广、政策性较强且难度较大等。因此，在建设稳定发展的基础上，要进一步发展，需要始终将群众的自愿原则和民主政策放在最首要的位置。在改造建设的过程中，要坚持一定的原则，即坚持公开、公正、公平的原则，要求不仅要做好资产的评估还要明晰产权，还要很据所使用设施的规模、特点以及效益和运行的状况等等，以及听取干部群众的意见，合理确定承包费、租赁费、拍卖底价，对社会公开竞价出售等方式。
　 　6、政府作用体现在农田水利上存在的问题
　　小型农田水利设施的改造建设是利用市场的手段来促进自身的发展，所以改造后的正常运作需要按市场的经济规律进行办事。因此，为了能够保证投资回收、运，行维护管理以及更新改造经营者在一定范围内制定水价，其标准也会随通货膨胀而有很大的浮动，而且有时候还会出现水价过高的现象。首先，政府应对农民进行一定的补助，进而能够起到调控的作用。水利的改制涉及到很多方面，将会受到社会经济、思想理念以及政策法规等多方面因素的影响，水利改制的步伐以及力度不仅依靠政府的支持，还需要有健全法规、政策的保障。所以，在这项工作中政府应充分发挥了自身的作用，能够为改制营造良好的政策法律环境，加快改制的步伐，巩固水利建设的成果。