我公司在工程未正式申请立项之前已发标10余个标段，总标的额达1.5亿元。因前期设计方案尚不成熟，后因巨大方案调整，导致原已实施的前期工程项目无法继续进行施工，又因在工程施工期间未下达停工指令，某些标段停工时间达一年以上，后多标段提出停工方面的巨额赔偿，因此有疑问如下：
1、某些标段停工期间无任何书面文件往来，因此未按合同约定时间提出索赔事项，现提出巨额赔偿请求，是否能以超过时限为由拒绝索赔要求；
2、因设计方案重大调整，甲方终止施工合同，是否属违约行为；
3、租赁的机具设备是按折旧费赔偿还是按租赁费赔偿。